丛赤壳科分子系统学及基于基因组分析的DNA条形码筛选

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1、密级：中国科学院大学UniversityofChineseAcademyofSciences博士学位论文2013年5月ByZhao-QingZengSupervisedbyProfessorWen-YingZhuangAdissertationsubmittedtoUniversityofChineseAcademyofSciencesinpartialfulfillmentoftherequirementforthedegreeofDoctorofScienceInstituteofMicrobiology,ChineseA

2、cademyofSciencesMay,2013学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本学位论文不包含任何其他个人或集体已经发表或未发表的成果、数据或撰写过的科研成果，也不包含为获得任何教育机构的学位或证书已使用过的材料。对本论文所涉及的研究工作做出贡献的其他个人和集体，均已在文中以明确方式标明。申请学位的论文与资料若有不实之处，本人愿承担一切责任。⋯一躲咯娘崃川日学位论文使用授权声明．篮疑批舷’黧器辜舛作者签名：魄彘汽日期：加I弓年占月冲

3、日别噬轹搬醐：如3年岁月7日致谢三年前的今天承蒙庄老师首肯，我有幸步入师门，开启真菌学研究之门，这是我人生中最重要的时刻。从论文选题到实验设计、从数据分析到结果讨论、从文章发表到论文修改，无不凝聚着庄老师的心血。先生虚怀若谷的人生哲学、谦虚低调的处世态度、严谨细致的科研作风是我生活和工作中的榜样，是防止在人生和科研道路上迷失方向的指路航标。感谢庄老师在学习上的悉心指导、严格要求，在科研上的鼓励、鞭策，在生活上的关心、照顾，每思及先生的谆谆教诲和为此付出的心血，常自责未达恩师期望，唯有在今后的科研道路上更加勤勉努力，方能不负师恩

4、。感谢牛永春研究员、侯成林教授、白逢彦研究员、庄剑云研究员、蔡磊研究员、郭良栋研究员、刘杏忠研究员、姚一建研究员、郭林研究员、李少杰研究员、刘宏伟研究员、刘钢研究员在百忙之中对论文给予的指导；感谢余知和教授一如既往地关心我的学习和科研；感谢TomHsiang博士对英文稿件的修改；感谢郑焕娣博士在分类学研究、标本采集、图片处理等方面给予的指导和帮助；感谢赵鹏博士在分子生物学实验和DNA条形码研究中的帮助；感谢罗晶博士在形态分类和分子系统学研究等方面的帮助；感谢宋霞女士在冷冻切片机使用、菌株保藏等方面提供的帮助；感谢陈双林教授、图

5、力古尔教授在野外采集过程中给予的帮助；感谢高展老师、韩梅老师、王黎明老师、陈玉文老师、齐莎老师、吕鸿梅老师、刘淑敏老师和周淑敏老师在学习和科研工作中的帮助；感谢王晓亮博士、王新存博士、岳昌武博士、陶刚博士的帮助。感谢研究生朱兆香、任菲、张玮、杨瑞恒、张涛、李赛飞、李国杰、陈里在实验和生活中的帮助。感谢家人和亲人的关心、支持和鼓励，本论文凝结着大家的关爱、教诲和温暖。感激之情，无以言表，你们永远健康快乐是我最大的心愿!感谢中国科学院微生物研究所提供的学习和科研环境；感谢所有关心和帮助我的老师和同学们12013年4月30日摘要丛赤

6、壳科真菌物种多样性丰富，主要分布于热带、亚热带和温带地区，在工农业、医药、环境与健康等方面具有较高的经济重要性。DNA条形码技术是利用一段短而通用的DNA序列，实现快速、准确物种鉴定的工具。该技术在生物多样性评估、外来物种检疫、生态学、自然资源保护、食品和饲料安全、法医检验以及人类健康等领域具有重要的应用前景。基因组携带着生物系统进化的全部信息，快速增长的基因组数据为真菌DNA条形码提供了新的研究途径。开展丛赤壳科真菌的分子系统学和DNA条形码研究，对澄清该科部分属和种的概念、探讨属问和种间的系统发育关系以及快速准确的物种鉴定

7、具有重要意义。本研究选择ITS、LSU、Hsp90和RPB2序列片段对丛赤壳科的18属57种真菌进行多基因联合分析，探讨该科真菌的系统进化关系。研究结果在很大程度上支持其他学者的结论，Chaetopsinectria、Cosmospora、Ilynectria、Neonect珂a、Lanatonectria、Thelonectria和Volutellonectria属的成员均形成独立的分支，表明它们是单源类群。Albonectria、Cyanonectria、Gibberella、Haematonectria和Leuconec

8、tria聚类在一起，表明这些属的亲缘关系较近，其无性型均为Fusarium。包括模式种在内的Pseudonectria两个种位于不同分支，且系统发育关系较远，是异源类群；单种属Rubrinectria没有形成独立分支，而以100％的支持率与Nectriapseudotrich