xcms了解和使用

xcms了解和使用

ID:44788964

大小:20.24 KB

页数:8页

时间:2019-10-29

xcms了解和使用_第1页
xcms了解和使用_第2页
xcms了解和使用_第3页
xcms了解和使用_第4页
xcms了解和使用_第5页
资源描述:

《xcms了解和使用》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在工程资料-天天文库

1、实用XCMS包用法1. 前期准备数据类型:NetCDF, mzXML, mzData。所以首先需要把自己的文件通过相应的软件转化成这类文件。数据位置:因为xcms会记录下数据所在的位置,并且在数据分析过程中会来回从文件夹中读取数据。所以不要再随意改变数据所在的文件的位置。数据来源:来源不同的数据应当分开进行数据前处理。比如正离子和负离子模式下得到的数据,不同的洗脱梯度下得到的数据。数据存储:xcms可以根据数据所在的文件夹的来识别不同的数据组。比如你想研究某一药物在两组病人间的纵向效应(longitudinaleffect),

2、然后你可以把你的两组数据分别存入命名为groupA和groupB的文件夹,这样xcms可以识别这两个组。每个文件夹内你还可以继续细分,比如按时间‘day1’,‘day2’等等。xcms会自动给这些数据命名为groupA/day1,groupA/day2,等等。(所以这里你要根据你的数据组来把它们存入不同的文件夹)。如果这里描述的不清楚的话,我会在后面的例子里进一步说明。 下面将会以一个详细的例子来分布解说xcms是如何处理LC-MS数据的。2. 数据分析2.1   文件读取cdfpath<-system.file("cdf",

3、package="faahKO")   system.file作用是寻找包里面文件的路径和全名。这里指的是在叫‘faahKO’的包中找到文件类型为‘cdf’的文件的全名。list.files(cdfpath,recursive=TRUE)文档实用[1]"KO/ko15.CDF""KO/ko16.CDF""KO/ko18.CDF""KO/ko19.CDF""KO/ko21.CDF"[6]"KO/ko22.CDF""WT/wt15.CDF""WT/wt16.CDF""WT/wt18.CDF""WT/wt19.CDF"[11]"WT

4、/wt21.CDF""WT/wt22.CDF"list.files是读取该路径下的文件夹或文件名,并以字符型向量存储。当然,这两条代码对我们都不重要,它们只是单纯的为了从这个包里面读取数据。2.2   过滤及谱峰检测(filtrationandpeakidentification)Library(xcms)每次使用这个包之前先要加载。cdffiles<-list.files(cdfpath,recursive=TRUE,full.names=TRUE)读取cdf文件,这里如果你要读取你自己的文件,你只要把cdfpath换成你的

5、文件夹所在的位置就行,比如你的数据在文件D:/data,那你把这里的代码换成cdffiles<-list.files(‘D:/data,recursive=TRUE,full.names=TRUE)就行(当然还有更方便的方法,不过这个就够用了)。Recursive=TURE的话,它会递归读取到你文件夹里,如果是False的话就只会读取到文件夹。Full.names=TURE的话,你会得到一个包含路径的文件名,False的话只会得到文件名。[1]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahK

6、O/cdf/KO/ko15.CDF"[2]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko16.CDF"[3]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko18.CDF" [4]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko19.CDF" [5]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko2

7、1.CDF" [6]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko22.CDF" [7]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt15.CDF" [8]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt16.CDF" 文档实用[9]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt18.CDF"

8、 [10]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt19.CDF"[11]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt21.CDF"[12]"C:/S

当前文档最多预览五页,下载文档查看全文

此文档下载收益归作者所有

当前文档最多预览五页,下载文档查看全文
温馨提示:
1. 部分包含数学公式或PPT动画的文件,查看预览时可能会显示错乱或异常,文件下载后无此问题,请放心下载。
2. 本文档由用户上传,版权归属用户,天天文库负责整理代发布。如果您对本文档版权有争议请及时联系客服。
3. 下载前请仔细阅读文档内容,确认文档内容符合您的需求后进行下载,若出现内容与标题不符可向本站投诉处理。
4. 下载文档时可能由于网络波动等原因无法下载或下载错误,付费完成后未能成功下载的用户请联系客服处理。