xcms了解和使用

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'xcms了解和使用'
实用XCMS包用法1. 前期准备数据类型:NetCDF,  mzXML,  mzData 。 所以首先需要把自己的文件通过相应的软件转化成这类文件。数据位置:因为xcms会记录下数据所在的位置,并且在数据分析过程中会来回从文件夹中读取数据。所以不要再随意改变数据所在的文件的位置。数据来源:来源不同的数据应当分开进行数据前处理。比如正离子和负离子模式下得到的数据,不同的洗脱梯度下得到的数据。数据存储:xcms可以根据数据所在的文件夹的来识别不同的数据组。比如你想研究某一药物在两组病人间的纵向效应(longitudinaleffect),然后你可以把你的两组数据分别存入命名为group A和groupB的文件夹,这样xcms可以识别这两个组。每个文件夹内你还可以继续细分,比如按时间‘day1’,‘day2’等等。xcms会自动给这些数据命名为groupA/day1, group A/day 2, 等等。 (所以这里你要根据你的数据组来把它们存入不同的文件夹)。如果这里描述的不清楚的话,我会在后面的例子里进一步说明。 下面将会以一个详细的例子来分布解说xcms是如何处理LC-MS数据的。2. 数据分析2.1   文件读取cdfpath <-system.file("cdf", package = "faahKO")   system.file 作用是寻找包里面文件的路径和全名。这里指的是在叫‘faahKO’的包中找到文件类型为‘cdf’的文件的全名。list.files(cdfpath,recursive = TRUE)[1] "KO/ko15.CDF" "KO/ko16.CDF""KO/ko18.CDF" "KO/ko19.CDF" "KO/ko21.CDF"[6] "KO/ko22.CDF""WT/wt15.CDF" "WT/wt16.CDF" "WT/wt18.CDF""WT/wt19.CDF"[11] "WT/wt21.CDF" "WT/wt22.CDF"list.files 是读取该路径下的文件夹或文件名,并以字符型向量存储。当然,这两条代码对我们都不重要,它们只是单纯的为了从这个包里面读取数据。2.2   过滤及谱峰检测(filtration and peak identification)Library(xcms)每次使用这个包之前先要加载。cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)读取cdf文件,这里如果你要读取你自己的文件,你只要把cdfpath换成你的文件夹所在的位置就行,比如你的数据在文件 D:/data,那你把这里的代码换成cdffiles <- list.files(‘D:/data, recursive = TRUE, full.names = TRUE) 就行(当然还有更方便的方法,不过这个就够用了)。Recursive=TURE 的话,它会递归读取到你文件夹里,如果是False的话就只会读取到文件夹。Full.names=TURE的话,你会得到一个包含路径的文件名,False的话只会得到文件名。[1] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF"[2] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko16.CDF"[3] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko18.CDF" [4] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko19.CDF" [5] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko21.CDF" [6] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko22.CDF" [7] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt15.CDF" [8] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt16.CDF" [9] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt18.CDF" [10] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt19.CDF"[11] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt21.CDF"[12] "C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt22.CDF" xset <- xcmsSet(cdffiles)这条语句主要作用是谱峰鉴定(peak identification),其结果存储在了一个‘xcmsset’类型的数据(不用管这个类型是啥意思)。250:38 300:103 350:226 400:338 450:431 500:529 550:674 600:847 250:43 300:128 350:275 400:394 450:500 500:637 550:835 600:1027 250:25 300:93 350:227 400:337 450:411 500:498 550:640 600:758 250:19 300:67 350:169 400:258 450:301 500:373 550:488 600:580 250:24 300:60 350:166 400:254 450:315 500:391 550:501 600:582 250:31 300:71 350:183 400:280 450:338 500:422 550:532 600:604 250:41 300:105 350:212 400:319 450:416 500:533 550:684 600:838 250:27 300:107 350:232 400:347 450:440 500:549 550:712 600:905 250:24 300:87 350:200 400:293 450:351 500:426 550:548 600:661 250:22 300:65 350:161 400:243 450:293 500:358 550:483 600:561 250:28 300:69 350:157 400:229 450:282 500:364 550:493 600:592 250:30 300:81 350:188
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