复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接.pdf

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1、物理化学学报(WuliHuaxueXuebao)MayActaP矗．一Chim．Sin．2012，28(5)，1257—12641257【Article]doi：10．3866／PKU．WHXB201202212www．whxb．pku．edu．cn复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接胡衍保’彭静波’顾硕裴剑锋，邹忠梅f‘中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所，北京100193；北京大学理论生物学中心，北京100871)摘要：心可舒为治疗冠心病的常用中药复方，临床疗效确切，但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释．本文以从心可舒中直接鉴定出的5

2、1个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体V(PPAR-y)，血管紧张素l转化酶(ACE)，羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)，环氧合酶2(COX．2)以及凝血酶(thrombin)等5个冠心病相关靶点为研究对象，采用LibDock和AutoDock2种分子对接程序联合对接的方法对以上化学成分和靶点的相互作用进行探讨．首先用均方根偏差(RMSD)和富集因子(EF)考察了2种程序对于5个靶点受体配体结合体系的适用性，进而发现当2种程序联合使用时，各靶点的富集因子较程序单独使用时有明显的提高，因而最终使用LibDock和AutoDock联合进行筛选．计算结果表明心可

3、舒中的葛根苷A、葛根苷B、丹酚酸A和丹酚酸C4个化合物可能作用于2个或者2个以上的靶点，另外还有8个化合物能够分别作用于5个靶点的其中1个靶点．本研究初步阐释了心可舒多靶点作用的分子机制，为心可舒的后期开发提供了一定的参考．关键词：分子对接：15,可舒：中药复方：冠心病：多靶点作用：富集因子中图分类号：O641MolecularDockinginXin-Ke·ShuPreparationsMulti-TargetEfectonCoronaryHeartDiseaseHUYan—BaoPENGJing—Bo’GUShuoPEIJian—Feng’ZOUZhong-

4、Mei’'r。InstituteofMedicinalPlantDevelopment,ChineseAcademyofMedicalSciences＆PekingUnionMedicalCollegeBeijing100193，PR．China；CenterforTheoreticalBiology,PekingUniversity,Beijing100871，PR．China)Abstract：Xin—Ke—Shu(XKS)，atraditionaIChinesemedicine(TCM)preparation。hasbeenwidelyusedf0rtre

5、atmentofcoronaryheartdisease(CHD)jnChina．However,theactiveconstituentsofXKSandtheirinteractionswithtargetsremainunclear．Inthisstudy,weassessedtwodockingprograms．LibDockandAutoDock，bycalculatingtheroot-mean—squaredeviation(RMSD)ofX．raystructurereproductionandtheenrichmentfactor(EF)inv

6、irtuaIscreening；bothprovedtobepracticaIinourprotein—ligandcomplexsystems．Moreover．thecombineduseofthetwoprogramsyieldedbetterEFsforeachtarget．Wethereforeusedacombinationofthetwoprogramstoinvestigatetheinteractionsofthe51chemicaIconstituentsidentifiedfrom×KSwithfiveCHDtargets，namelype

7、roxisomeproliferatoractivatedreceptorY(PPAR．v)，angiotensin—conve~ingenzyme(ACE)，hydroxymethylglutarylcoenzymeAreceptor(HMGR)，cycfooxygenase一2(COX2)，andthrombin．ThedockingresultssuggestthatpuerosideA，puerosideB，salvianolicacidA，andsalvianolicacidCcaninteractwithtwoormoretargets．andthe

8、othereightco