药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析.pdf

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1、物理化学学报(WuliHuaxueXuebao)OctoberActa．一Chim．Sin．2012，28(10)，2401—24102401[Article]doi：10．3866／PKU．WHXB201208241www．whxb．pku．edu．C13药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析丁新强武治印-。金宏威’刘振明，(北京大学药学院，北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室，北京100191；北京大学理论生物学中心，北京100871；中国医学科学院b京协和医学院药用植物研究所，北京100094)摘要：随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟，虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥

2、着越来越重要的作用．在虚拟筛选过程中，所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用．本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较，从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征，发现了己知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性，揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势，并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解．关键词：虚拟筛选：化合物库：分子多样性：化学空间：分子骨架中图分类号：O641：R914．2CharacterizationandCom

3、parativeAnalysisofChemicalLibrariesforDrugDiscoveryDINGXin—Qiang’lWUZhi—Yinl。'JINHong—WeiLIUZhen-Ming’'l’(StateKeyLaboratoryofNaturalandBiomimeticDrugs,SchoolofPharmaceuticalSciences,PekingUniversity,Beijing100191，R．China；CenterforTheoreticalBiology,PeMngUniversity,Beijing100871，PR．China；Institut

4、eofMedicinalPlantDevelopment,ChineseAcademyofMedicalSciences—PekingUnionMediealCollegeBeijing100094，R．China)Abstract：Withthedevelopmentofcomputertechnologyandsoftwareformolecularmodeling．virtuaIscreeningplaysanimportantroleindrugdiscovery．Intheflowofvirtualscreening，highqualitycompoundIibrariesus

5、edareessentialforsuccess．1nthispaper。weanalyzedtwoknowndruglibraries．anaturalproductIibrary，compoundsfr0mplantsusedfortraditionaIChinesemedicines(TCM)．twofrequentlyusedcommerciafIibraries．andacompoundlibraryinhome．FeaturesoftheseIibrarieswereextractedandcomparedformoleculardiversity．chemicaIspace

6、．andmolecularscafolds．WefoundsimilaritiesbetweendrugsandthecompoundsusedforTCM．whichindicatesTCMcouldbeusefuIforvirtualscreening．TheseresultsaidunderstandofthechemicaIcharacteristicsusedinvirtuaIscreeninglibraries．KeyWords：ViSualscreening；Chemicallibrary；Moleculardiversity；ChemicalspaceMoleculars

7、cafoldReceived：July2，2Ol2；Revised：August23，2O12：PublishedonWeb：August24，2012．Correspondinganthor．Email：zmliu@BJMU．edu．cn；Tel：+86—10—82805514．eseauthorscontributeequallytothisWOrk．TheprojectwassupposedbytheNationalHigh—