Fkbp51 基因敲除对小鼠肝脏转录组基因 可变剪接地影响.pdf

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1、2017年5月中国比较医学杂志May,2017第27卷第5期CHINESEJOURNALOFCOMPARATIVEMEDICINEVol.27No.5?????????研?究?报?告??Fkbp51基因敲除对小鼠肝脏转录组基因可变剪接的影响∗∗周志强,杨志伟,雍伟东(中国医学科学院医学实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室,北京100021)【摘要】目的通过分析Fkbp51基因敲除(knockout,KO)与野生型(wildtype,WT)小鼠肝脏表达谱,研究Fkbp5

2、1基因敲除对肝脏组织基因可变剪接的影响。方法利用二代测序对Fkbp51KO与WT小鼠肝脏进行表达谱测序,用TopHat对RNA测序结果进行可变剪接分析,筛选出KO与WT小鼠肝组织中差异的内含子保留(intronretetion,RI)和外显子跳跃(exonskipping,SE)。通过在线工具DAVID对这些差异可变剪接体进行基因功能(geneontology,GO)和代谢通路(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)富集分析,同时用NCBI基因数据库对这些基因进行注释。结果(1)Fkbp51缺失可导致小鼠肝脏

3、mRNA可变剪接发生变化;(2)Fkbp51基因敲除造成小鼠肝脏mRNA可变剪接表达量的变化;(3)通过GO与KEGG分析,我们发现这些发生差异可变剪切的基因主要与脂肪相关衍生物的代谢、免疫、胆汁酸分泌等通路相关。(4)与差异内含子保留相关的基因主要与肌动蛋白细胞骨架调控,氨基酸及其衍生物代谢相关。结论Fkbp51基因敲除能够改变基因组中mRNA的可变剪切,进而影响小鼠肝脏的代谢功能。【关键词】Fkbp51基因敲除小鼠;肝脏;RNA⁃seq;可变剪接;内含子保留;外显子跳跃【中图分类号】R⁃33【文献标识码】A【文章编号】1671⁃7856(2017

4、)05⁃0031⁃06doi:10?3969.j.issn.1671-7856?2017?05?009EffectsofFkbp51geneknockoutonthealternativesplicingoflivertranscriptomeinmice∗∗ZHOUZhi⁃qiang,YANGZhi⁃wei,YONGWei⁃dong(InstituteofLaboratoryAnimalScience,ChineseAcademyofMedicalSciences(CAMS)&ComparativeMedicalCenter,PekingUnion

5、MedicalCollege(PUMC);KeyLaboratoryofHumanDiseaseComparativeMedicine,MinistryofHealth;KeyLaboratoryofHumanDiseaseAnimalModels,StateAdministrationofTraditionalChineseMedicine,Beijing100021,China)【Abstract】ObjectiveThepurposeofthisstudyistounderstandtheinfluenceofFkbp51geneknockou

6、tonalternativesplicingofmRNAinlivertissues.MethodsmRNAsofliverfrombothFkbp51knockout(KO)andwildtype(WT)micewereisolated.mRNAexpressionprofilingwasperformedusingRNA⁃seqreads.ThemRNAreadsproducedfromRNA⁃seqwasanalysedbyTopHatforalternativesplicing.Exonskippingandintronretetionwer

7、eidentifiedaccordingtoalignmentanalyses.GeneOntology(GO)andKyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)pathwayenrichment[基金项目]艾滋病和病毒性肝炎传染病重大专项(2014ZX10004002);国家自然科学基金(81272273)。[作者简介]周志强(1986-),男,硕士生,研究方向:基因与发育生物学。E⁃mail:522845911@qq.com[通讯作者]雍伟东(1968-),男,研究方向:生殖与发育生物学。Email:wyong

8、@cnilas.org;杨志伟(1969-),男,研究方向:高血压。Email:zhw_yang@hotma

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