华侨大学生物信息学实验报告 .doc

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1、华侨大学计算机科学与技术学院生物信息学实验报告姓名：_______纪新婷_________学号：______专业班级：_计算机科学与技术1班________1.matlab软件BioinformaticsToolbox工具包中的常用基本函数：（1）baselookup('Complement',SeqNT)baselookup('Complement','ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ')ans=ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａans=ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ函数baselookup()的第一个叁数表示的是该函数所使用的方法，在这

2、个例子中的“Complement”表示的是该函数所实现的功能是对核苷酸序列的补充，而”SeqNT”表示的是核苷酸的序列，在这个例子中我们引用得非典的核苷酸序列。（2）SeqRNA=dna2rna(SeqDNA)SeqRNA=dna2rna('CCTGCCTTAATGTGCCTC')SeqRNA=CCUGCCUUAAUGUGCCUC函数dna2rna(SeqDNA)实现的功能是将DNA序列转化为RNA序列，函数中的参数SeqDNA是DNA序列。（3）SeqR=seqreverse(SeqNT)s='CCTGCCTTAATGTGCCTC';seqreverse(s)a

3、ns=CTCCGTGTAATTCCGTCC函数seqreverse(s)返回一个DNA的核苷酸序列的反向链，函数中的参数s是DNA序列。（2）gag=multialignread('aagag.aln');showalignment(gag)函数showalignment(gag)的作用是显示多序列比对。（3）ramachandran(PDBid)ramachandran('1E31')函数ramachandran(PDBid)的功能是蛋白质数据库（PDB）的数据绘制的图，其中‘1E13’是人的Survivin基因在PDB中的标识符。（2）seqdotplot(S

4、eq1,Seq2)seqdotplot('CCTGCCTTAATGTGCCTC','CTCCGTGTAATTCCGTCC')函数seqdotplot(Seq1,Seq2)的作用是创建两个序列的散点图，以达到可视化的两个序列之间的匹配。2.学习BioinformaticsToolbox工具包中的seqstatsdemo.m和aligndemo.m两个例子：(1)seqstatsdemo.m:%大家公认的人类线粒体基因组序列的编号为：NC_，我们仅仅使用核苷酸（nucleotide）序列，所以用'SequenceOnly'这个标志来限制。利用getgenbank函数就

5、能将我们需要的人类线粒体基因组的核苷酸序列读入到matlab的工作空间。mitochondria=getgenbank('NC_','SequenceOnly',true);%如果你没有连接网络，您可以从MAT-file使用commandload线粒体，取消这个如果没有互联网连接%matlab中的‘whos’的信息时给出序列的大小whosmitochondria%nt前缀表示核苷酸，使用ntdensity函数可以得到该核苷酸的组成ntdensity(mitochondria)其结果如下：%ntdensity函数得到的图已经表明该核苷酸富含A-T，但是我们能使用ba

6、secount函数得到更具体的信息：A、T、C、G的数目ans=A:5113C:5192G:2180T:4086>>basecount(seqrcomplement(mitochondria))%basecount函数得到的是5'--3'单链的A、T、C、G的数目，而seqrcomplement函数能得到其补链（3'-5'）。ans=A:4086C:2180G:5192T:5113>>basecount(mitochondria,'chart','pie');%将A、T、C、G的数目以饼状图的形式表示出来。>>dimercount(mitochondria,'ch

7、art','bar')%将核苷酸序列中的二聚体（dimer）的信息即数目显示出来。二聚体：相邻两个核苷酸的组合。ans=AA:1594AC:1495AG:801AT:1223CA:1536CC:1779CG:439CT:1438GA:615GC:716GG:427GT:421TA:1368TC:1202TG:512TT:1004>>codoncount(mitochondria)%将核苷酸中的密码子（codon）的数目显示出来，codonconut函数没有使用选项，则用第一种阅读框架显示出来（thefirstreadingframe）。密码子：由三个相邻的核苷酸组

8、成的信使核