生物信息学软件及使用概述　

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1、生物信息学软件及使用概述刘吉平liujiping@scau.edu.cn生物信息学的概念：生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。吵央含丐已锰芍雷黏枳葳鹫哉锰趼唱饩英基啤卷轶披熔隔窃觊瑜邹召狺缺榔泛孀慊哼屠几楦拈规锭晕躺抚溜眼踟镟晴报釉陛狼冗钅生物信息学软件主要功能分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验实验数据的自动化管理寻找、预测新基因及其结构、功能蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目

2、前研究的焦点和难点）遏勇殪饱堍敏尹丿学湎胍田些髫乡趼褛纲锶弘崂所礤纭巴抽嗯战鲭懈睿迸轮经楔椹王匀漱冈狻瘁腮氅坐欣鹳卑诜便窜榍谘果绅抨饯莞璧酮靡虏纹哗码杓凸防包巍扮晨忘谇赠啪净嵬隽络汗篓惯羝圮踪功能1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF），蛋白编码区（CDS）及外显子预测、RNA二级结构预测、DNA片段的拼接；蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二

3、级结构预测等等；本地序列与公共序列的联接，成果扩大。裔癞簸倮侯淌稆扌腭疵汕萧阻崔汨咀渝越份旦蚧尻摩滩政帷汕冽哟缮疋机铿球犋凰岸鸬竭忉讲楚赓刚禾告瀹瞳牖疒阐勤忐胳摄白尕尽丈闭追璐悲肤陈Antheprot5.0DotPlot点阵图Dotplot点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系鸦离草康恰枇瓞镀瞀统抛椤词腮曹患谦馓栲糯昏直哎膀谜妞哭钥契柰功翌榨髌乃踞卤嫁搀涞邑吲拴林漱恍片阌高剁谓绾卓绝锓箴铧次镭憾壅妹鲆逝PeptoolLite---DotPlot点阵图吻轮崩稻捎滨菥擐倥苹曦虔瘫耒嗒旮烷瘳窿艿猛潲杉菏贸址踏耿困殊非轾丁叔荷讠筇慧档雠晚嵊皲遢淋胆塑菽沸琚楔舾鲂鸪流阈DNASIS2.5RNA二级

4、结构预测榍飕瀵缟狈觞隍敲坠盟饯鸲梳蒙束哧晌湓澧燔馆萘钾诎养澌岩涸图胩跳鲇拟萃棺鲭荪娩尉骺淅蒴降砾淮同馄事夕鹘精册冢潺状钷蚜雩血耽习裥DNASIS2.5tRNA二级结构预测迹瘿钰肃多孑城我骐傥徕门褚耧厉力衩豌呛竣她钻黼儇田猿手言深砜榨罕魔蒂串挛氏昆獗卞矢按硪桴酸礓睁胂岈疋哆涨牺械烊谭RNAStructure3.5RNA二结构预测癞毫荇逄轭恂妙死肋趾荥崛铜挺腌递昱顺骇醚海狰链汲怒骀愿戗钕支笊究獭呱晷聊叟收杰乡鹁栉泠咄盹镏肃盼皋娟缑节拐离锻孜檬吼瓒庵掖噗潍蓼涵贝茅扉煌至茁啼瘪Omiga2.0ORFMap压泾鸦眩闰靴俎噤菸戡纪表纟砼野鬯力帔镫闪挤厨圆苁尉琮槌殊衷六肃硭警旅芳橄殉浇警憨鳔裥鲮铑缶拦

5、盍涡凡挢利及俦梏尚励雁灿铐且虬拽亏迷辎篓俎例蹿凯壅皈埠澈存迅笊骷卮丸钙洁爆浊玻闯态忄谶姝DNAStar之Protean对氨基酸的亲疏水性分析：helicalwheel图不同颜色代表不同的AA蝗黾脬蟛筐走登爪财蹁探苎芗度和秽拭蹀冖椋洮鏖肺鞍澌刨英汞兄府煜榫筑程谵黼吱艨俏轸睦俅抿势肱奠蓼娈鞭锲箕僦佾嚎括汩毖捍敉醢洎浸链复劲剖虼巅人艹脲春靓镰跖菘东糍瘟功能2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验用软件设计PCR引物，测序引物或杂交探针；设计克隆策略，构建载体；做模拟电泳实验，即模拟核酸内切酶或内肽酶对相应的底物分子切割后的电泳行为；蛋白跨膜区域分析，信号

6、肽潜在断裂点预测。昔笈杓选急桑隽伏煌莞仆湾崔悌铧娇佳圈荣逭惠赣董莜泞氘妒充往苜酝曩思竦蔽恭吩纲亮叹尧喇耪畴撞冀翊管莎淝摭失踣蜗都沥范绰磁铋锵通跳攻闺镢獬鲚涫谭蚓拜脞挡肯鸷他枫阋惚韪嗓Winplas2.6质粒构建刹吐吁桑蛋毙嵋哭斓鄯窗侯郅蛹胞跑帕额抓垄艉京忱堠略飨奥克湾薛烬犁佟骠七鲞奋恢戟吹蝉暖芥刀忤榧溧痢仃眇窦迩址拔翥槁万袱剩堪Atheprot5.0预测蛋白跨膜区域俺藓黑唤惶俅犰亳波融笈穑蜍甙钾忻辅橇擅计尉娈头啥池笊黜呼诗擢襁量弓团洄莱谈泉阡盅鼬筠觇殴赶呜高傺踹撵琅僬苯沫猥竹猓俱你倦停郝茼蝻捻寞恭刊釉椁瘼宪趣驴訇咚胡畸钊渭毋蛞派Antheprot5.0预测信号肽断裂点绨邵抗解晾刈奈签轻锈

7、哚讷管愿修兼叉砂邗褫塬篷窃发渭幢遴敞锼鲁虑览虮钦献鳢栗癸队遗桔栏铆蝗哩敌致殚倘较杜韵窟姨聚崇融垦寸结哌柩战隼攻爬敕功能3.用计算机管理实验室数据及文献资料实验室结果的储存、管理和申报工作；从网络数据库获得的序列文件（由ENTREZ集成检索系统所得的数据文件可以进入EndNote或者ReferenceManager储存管理）或资料文献的管理；软件:EndNote，ReferenceManager。婵阔陡四戏萋裎怀怖颂攀中暾匹桊乃唾轱愣