dgge／tgge技术在土壤微生物分子生态学研究中的应用

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1、维普资讯http://www.cqvip.com生物技术通报BlOTEcHNoLoGYBULLETIN2006年第5期．技术与方法·DGGE／TGGE技术在土壤微生物分子生态学研究中的应用木周琳1，s张晓君李国勋张杰。一(河北农业大学植物保护学院，保定071000；上海交通大学生命科学学院，上海200240；中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室，北京100094)摘要：传统的微生物生态学研究方法只限于环境样品中极少部分(O．1％一1％)可培养的微生物类群，极大程度地限制了对土壤微生物群落结构的研究。综述了以16SrDNA为主要

2、研究对象的DGGEfI'GGE(Denaturinggradientgelelectrophoresis．DGGE／Temperaturegradientgelelectrophoresis，TGGE)技术原理，以其为主要手段结合PCR扩增、克隆建库、序列测定以及种系分析对土壤微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。DGGEfFGGE技术极大地推动了土壤微生物分子生态学的发展，同时也为实际问题的诊断、作物生长跟踪监测等提供了技术支撑，在土壤微生物分子生态学研究和生产实践中起着越来越重要的作用。关键词：变性梯度凝胶电泳温度梯度凝胶电泳土壤16SrDN

3、A微生物分子生态学TheApplicationofDGGE／TGGETechniquesinMolecularMicrobialEcologyofSoilZhouLin·。ZhangXiaojunLiGuoxunZhangJie。’CollegeofPlantProtection，AgriculturalUniversityofHebei,Baoding071000；。CollegeofLifeSciencesandBiotechnology,ShanghaiJiaoTongUniversity,Shanghai200240；StateKeyLab

4、oratoryforBiologyofPlantDiseasesandInsectPests，InstituteofPlantProtection,ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100094)Abstraet：Traditionalculture．basedmethodsarelimitedintheircapacityformicmbialecologicalresearchonsoilsbecauseonlyasmallfractionofmicrobialinhabitants(O．1

5、％～1％)insoilscanbecultivated．111encipleandapplicationofDGGEITGGE(Denaturinggradientgelelectmphoresis．DGGE／Temperaturegradientgelelectrophoresis，TGGE)technologyfor16SrDNAdiversityanalvsistounderstandcommunitystructureandfunctionaresumarizedandintroducedintllisreview．Thistechnolo

6、gyispowerfulmethodfordiagnosisofpracticalproblemsandcomunitydynamicsandwillpromotethedevelopmentofMolecularMicrobialEcologyonsoill"~search．Keywords：DGGETGGESoil16SrDNAMolecularmicrobialecology土壤中的微生物与其周围生物、非生物环境之育分析为基础的现代微生物分子生态学的研究方间的相互关系．以及这些相互关系对其周围的特定法．如PCR—RFLP、PCR—RAPD、P

7、CR—SSCP、荧光原位环境、区域和全球的影响．是微生物生态学家关注杂交技术(FISH)、基因芯片(Microarry)、磷脂脂肪酸和重视的新热点研究领域。传统的微生物生态学研图谱分析(Phospholipidfattyacid，PLFA)、稳定同位究方法只限于环境样品中极少部分(0．1％～1％)可素探针(StableIsotopeProbing，SIP)、PCR—DGGE／培养的微生物类群．这种局限严重影响了绝大多数TGGE(Denaturinggradientgelelectrophoresis，DGGE

8、微生物的分类地位和系统发育关系的深入研

9、究[1]。Temperaturegradientgelelectrophoresis，TGGE)等，使20世纪80年代以来