arlequin地使用说明书

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1、实用标准Arlequin3.1的使用说明Arlequin功能的概述Moleculardiversity—分子多态性Mismatchdistribution—错配分布Haplotypefrequencyestimation—单倍型频率估计Linkagedisequilibrium—连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联Hardy-Weinbergequilibrium—哈温—伯格平衡Tajima’sneutralitytest—Tajima中性检测Fu’sneutralitytest—Fu中性检测Ewens-wattersonneutralitytest

2、—Ewens-watterson中性检测以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于DNAsequence和RFLP单倍型。Chakraboety’samalgamationtest—Chakraboety’s融合检测，检测人群的均一性和同质性，和中性选择等。MinimuSpanningNetwork(MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树，给予分子差异。AMOVA—分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构Parwisegeneticdistances—遗传距离的估计Exacttestofpopulationdifferentiation—检测随机交配群体单倍型的

3、非随机分布Assignmenttestofgenotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定的人群中。Arlequin3.1分析的数据文件的格式必须是以*arq为扩增名方法：用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件，在DNAsp中打开该文件，点击Generate中的Haplotypedatefile，设置considered，其余的参数不变，在其中的Generate中选其中的ArlequinHaplotypeList即可保存下用Arlequin3.1分析的文件的格式（在importdate中可以进行文件格式的转换，Arlequin的数据转化为

4、Arlequin、Genepop、Biosys、phylip、Mega、WinAmova）文档实用标准首先打开Arlequin3.1的界面如下：点击openproject，出现如下的界面：选择你要分析数据的文件，一般扩增名为*arp文档实用标准下面以例子中的文件加以说明:点击打开，文档实用标准Projecttitle所分析数据的名称Genotypicdate输入数据是单倍型还是双倍性Gameticphase：确定输入数据中配子片段是否已知Recessivedate：确定输入数据是否为阴性Datetype：输入数据的类型Missingdate：缺失数据用什么字符

5、表示对上面的例子进行数据设置点击Setting出现如下的界面文档实用标准点击Generalsetting情况如下：点击Haplotypeinference（单倍型频率），出现如下界面文档实用标准选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数据，则操作界面如下继续设置，点击Moleculardiversityindices（在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数）文档实用标准设置后，出现如下图的结果Standarddiversity文档实用标准indices:计算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、分离位点的数目、杂合的水平等.

6、Moleculardiversityindices:隔离位点的数目(s)、单倍型的数目（nh）、单倍型的多样性（Hd）Computeminmumspanningnetworkamonghaplotype:利用每个居群的单倍型数据计算最小支撑树和最小支撑扩张网络图。Moleculardistance：选择遗传距离，包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分比。Theata（Hom）:通过估计观测到的纯质性H而得到一个参数Theata（s）:通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数Theata（k）:通过估计观测到的等位基因K的个数Theata（π）通过平均配对

7、差异数而得到的一个参数。点击Arlequinconfiguration出现如下的结果文档实用标准点击Browse,选择要分析的数据，如下图点击打开如下图文档实用标准点击projectwizard进行设置，这里面数据的设置，可以通过viewproject打开的文本格式来作为参考，进行设置点击viewproject出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况文档实用标准设置后，出现如下的数据：点击Start,就会进行分析，将会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名相同的文件夹，运行的结果是Html文件。AMOVA,是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群

8、进行不同层次的归类和划分，可界定不同的