川芎根茎、叶转录组测序及分析

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1、方…乂．攀■—讓謙＿隱驟：硕士学位论文耀ＭＡＳＴＥＲＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ：：纏：多：＿義＿、丨、：论文题目：川考根菱叶转录组测序及分析：康鄉．学翻：．ｉ＂？生物化学与分子生物学学科专业：二－二级年．：。国内图书分类号：Ｑ９４６密级：公开国际图书分类号：西南交通大学研究生学位论文川苟根茎、叶转录组测序及分析年级二零一二级姓名宋涛申请学位级别硕士专业生物化学与分子生物学指导老师周嘉裕副教授二零一五年五

2、月ＣｌａｓｓｉｆｉｅｄＩｎｄｅｘ：Ｑ９４６Ｕ．Ｃ：．ＤＳｏｕｔｈｗｅｓｔＪｉａｏｔｏｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｇｙＭａｓｔｅｒＤｅｇｒｅｅＴｈｅｓｉｓＴＲＡＮＳＣＲＩＰＴＯＭＥＳＥＱＵＥＮＣＩＮＧＡＮＤＡＮＡＬＹＳＩＳＯＦＲＨＩＺＯＭＥＡＮＤＬＥＡＦＩＮＬＩＧＵＳＴＩＣＵＭＣＨＵＡＮＸＩＯＮＧＨＯＲＴＧｒａｄｅ：２０１２Ｃａｎｄｉｄａｔｅ：ＴａｏＳｏｎｇＡｃａｄｅｍｉｃＤｅｒｅｅＡｌｉｅｄｆｏｒ：ＭａｓｔｅｒｇｐｐＳｐｅｃｉ

3、ａｌｉｔｙ：ＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙＳｕｅｒｖｉｓｏｒ：ＪｉａｕＺｈｏｕＡｓｓｏｃｉａｔｅＰｒｏｆｅｓｓｏｒｐｙ，Ｍａ２０１５ｙ，西南交通大学学位论文版权使用授权书、本学位论文作者完全了解学校有关保留使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权西、南交通大学可以将本论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以釆用影印缩印或扫描等复印手段保存和汇编本学

4、位论文。本学位论文属于１．保密口，在年解密后适用本授权书；２。．不保密０，使用本授权书“”ａ请在以上方框内打／（）学位论文作者签名：ｔ旨导老师签名：．（。：＇“、曰期：曰期７０西南交通大学硕士学位论文主要工作（贡献）声明本人在学位论文中所做的主要工作或贡献如下：。１）首次对川号根莲、叶进行转录组测序，并进行基因功能注释和分析为研究川。弯生物活性成分的生物合成途径和调控机制，提高其药用价值奠定基础２）比较川考根莲与叶的转录组数据，蹄选出差异表达基因，并对差异表达基

5、因进。行功能注释和分类，挖掘根莲生长和发育相关基因为探索根基的形成和发育的分子机制及根状莲次生代谢产物圣徒代谢途径建立了遗传学背景。－ＰＣＲ３）结合转录组数据库对川考进行ｑＲＴ内参基因选择。为后期的川考相关基因一一化标准ＲＴ－ＰＣＲ验证的表达分析提供个可靠的均。并通过ｑ转录组数据库组装的正确性，确保分析结果的真实性和准确性。４）阿魏酸是川考重要指标，分析阿魏酸合成途径相关基因，构建阿魏酸代谢通路，ＰＲ－ＰＣＲ探索通过阿魏酸合成途径的关键酶基因。ｑ本人郑重声明：所呈交的学位论

6、文，是在导师指导下独立进行研宄工作所得的成果。除文中己经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的。研究成果。对本文的研究做出贡献的个人和集体，均已在文中作了明确说明本人完全一了解违反上述声明所引起的切法律责任将由本人承担。学位论文作者签名：曰期：＞０．ｈ｛＾西南交通大学硕士研究生学位论文第Ｉ页摘要＇一＼ｎｏｒｔ）＼＾ｉＬｉｇｕｓｔｉｃｕｍｃｈｕａｎｘｉｏｇＨ是伞形科年生传统药用植物，干燥根状莲为川）弯的主要药用部位，已有上千年的药用历史

7、，主要用于治疗头痛，风湿搏痛，心脑血管疾病，月经紊乱，肿胀疼痛等；由于川号能够改善皮肤的颜色和改变香味，因此也成为化妆品的主要成分。川号中有多种重要的活性化合物，包括阿魏酸，挥发油，蔽类化合物和生物碱等。开展川弯转录组学研究，对于系统认识川考活性成分代谢途径、发育及抗逆相关机制具有重要的理论意义。本文通过Ｉｌｌｕｍｉｎａ高通量测序获得了川考根墓、叶的转录组数据，，并对转录组数据进行分析、验证为发掘川考活性成分代谢通路和相关的酶基因以及川考的发育和抗逆相关研究提供遗传学背景。本文的主

8、要结果如下：１）首次对川弯根莲、叶进行转录组测序，分别获得了川尊根垄与叶（共计５．３６Ｇｂ）的原始数据３７１７２３４、１２８２３３９５ｃｌｅａｎｅａｄｓ１０１ｎｔＴｒｉｎｉｔ，分别获得１ｒ，平均长，通过，，，，度为ｙ软件组装最终获得５７，７０５、５０，３２６个Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，平均长度为７１３ｎｔ、７９８ｎｔ。将这些Ｕｎｉｇｅｎｅ序列与蛋白质公共数据库进行比对注释－，包括Ｎｒ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧＯ