基因功能与通路分析技术

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1、基因功能与通路分析技术主讲人：李春权Cancerinformationflow：Twolines+waysLifeline：病前期早期中期晚期终末期Mechanismline：Analysisways：Single(SNP/Gene/Tf/miRNA…)multi-(SNP/Gene/Tf/miRNA…)system功能模块代谢通路内容目录•功能数据库和通路数据库简介√•疾病风险基因的功能注释及通路注释•疾病风险基因集合的功能富集分析•疾病风险子通路识别方法葡萄糖代谢通路葡萄糖6-磷酸葡萄糖6-磷酸果糖1,6-双磷酸果糖

2、2-磷酸甘油酸3-磷酸甘油醛烯醇化酶1,3-二磷酸甘油酸磷酸烯醇式丙酮酸3-二磷酸甘油酸丙酮酸激酶丙酮酸http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=rn&mapno=00010&mapscale=1.0&show_description=show非代谢通路（信号转导通路等）激活磷酸化MAPK通路绑定/相关http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.html节点间的各种关系通过这些详细的互作关系，我们能够更清晰的了解通路

3、！http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.htmlDetail：http://www.genome.jp/kegg/xml/docs/泛素化激活去磷酸化抑制绑定/相关磷酸化http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04630.html通路数据库KEGGhttp://www.genome.jp/kegg/其它通路数据库：biocartahttp://www.biocarta.com/wikipathwayshttp://www.wik

4、ipathways.org/index.php/WikiPathwaysReactomehttp://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.htmlBioCychttp://www.biocyc.org/GeneDBhttp://www.genedb.org/ERGOhttp://ergo.integratedgenomics.com/KEGGpathway分类1.Metabolism2.GeneticInformationProcessing3.EnvironmentalInform

5、ationProcessing4.CellularProcesses5.OrganismalSystems6.HumanDiseases6.1Cancers6.2ImmuneSystemDiseases6.3NeurodegenerativeDiseases6.4CardiovascularDiseases6.5MetabolicDiseases6.6InfectiousDiseases心血管疾病（CardiovascularDiseases）肥厚性心肌病(HCM)Arrhythmogenicrightventricularc

6、ardiomyopathy(ARVC)Dilatedcardiomyopathy(DCM)Viralmyocarditis结肠直肠癌（Colorectalcancer）糖尿病（TypeIIdiabetesmellitus）KEGG通路中的疾病基因信息？1.Metabolism2.GeneticInformationProcessing3.EnvironmentalInformationKEGG通路中Processing4.CellularProcesses的疾病信息？5.OrganismalSystems6.HumanDise

7、ases查询通路中的疾病信息•进入KEGG网站http://www.genome.jp/kegg/pathway.html•选择一个通路（如：MAPK）•进入该通路，改变通路显示方式为Homosapiens(human)+Disease/drug。•点击GoMAPK通路结果：http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=hsadd&mapno=04010&mapscale=1.0&show_description=show浏览通路中与疾病相关的基因疾病基因药靶基因培利替

8、尼人类基因http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=hsadd&mapno=04010&mapscale=1.0&show_description=showhttp://www.geneontology.org/功