高通量花生转录组分析系统的构建与应用

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1、2011年6月中国油料作物学报2011，33(3):235－241Chinesejournalofoilcropsciences高通量花生转录组分析系统的构建与应用*陈小平，洪彦彬，张二华，刘海燕，梁炫强(广东农业科学院作物研究所，广东广州510640)摘要:采用PC机为硬件平台，基于Linux操作系统，以Perl语言作为主要的程序编辑语言，整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker、Blast、Bioperl等软件或模块，构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序，其中以a

2、ssemble．pl为主程序的序列组装，以annotFun．pl为主程序的功能注释和以annot-GO．pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8328个叶片EST，进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类，为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息，也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。关键词:花生;转录组;分析系统;高通量中图分类号:S565．203文献标识码:A文章编号:1007－9084(2011)03－02

3、35－07Constructionandapplicationofahigh－throughputanalysissystemforpeanuttranscriptome*CHENXiao－ping，HONGYan－bin，ZHANGEr－hua，LIUHai－yan，LIANGXuan－qiang(CropsResearchInstitute，GuangdongAcademyofAgricultureSciences，Guangzhou510640，China)Abstract:Ahigh－throughputanalysis

4、systemforpeanuttranscriptomewasconstructedbasedonaPCma-chine，LinuxoperatingsystemandfreesoftwaresuchasSeqClean、TGICL、RepeatMasker，BlastandBioperl．Thea-nalysissystemincludedthreesub－systemswiththreeself－developedPerlscripts．Thethreesub－systemswerethesequenceassembledw

5、ithaPerlscriptassemble．pl，thefunctionalannotationwithanannotFunc．plandtheGOclassificationwithanannotGO．pl．Tovalidatetheanalysissystem，weannotatedatotalof8328ESTsequencesfromacDNAlibraryconstructedwithleafspotinfectedleavesofYueyou20．Theresultsindicatedthatthesystem，c

6、ombiningpubliclyfreesoftwarewiththescriptswrittenwithPerllanguage，madepeanuttranscriptomedataanalysiseasyandautomatic．Thisanalysissystemwillplayaroleinpeanutfunctionalgenomicsandcontributetothecon-structionofanalysisplatformsforotherresearchers．Keywords:Peanut(Arachi

7、shypogaeaL．);Transcriptome;Analysissystem;Highthropughput高通量测序技术伴随着生物信息学分析方法的花生(ArachishypogaeaL．)是我国重要的油料［1～3］快速进步，为现代生物学研究提供了强有力的作物，长期以来，花生分子生物学研究进展较慢，其［4～6］工具。虽然低成本、高通量测序技术为生物学中一个重要原因是栽培花生是一个基因组结构极度家带来了更多的序列资源，可面对海量序列数据，却复杂且高度自交的异源四倍体作物。花生基因组喜忧参半。生物学家可以借助各种生物学网站和数

8、(约2800Mb)远大于拟南芥基因组(128Mb)和水稻据库(如NCBI等)提交一个或几个数据进行查询分基因组(425Mb)，因此在花生全基因组测序尚不能析，并比较容易地获得所需几个基因的相关生物信全面开展的情况下，进行大规模转录组测序是花生［7～10］息分析结