《核酸序列分析》PPT课件

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1、核酸序列分析核酸序列分析是生物信息学应用中的一个重要方面，一般包括：DNA碱基组成、密码子的偏向、内部重复序列、特殊位点（限制性位点及转录、翻译和表达调控相关信号）、编码区分析、一二级结构等。第一节核酸序列的检索第二节核酸序列的基本分析第三节核酸序列的电子延伸第四节基因的电子表达、定位分析第五节基因识别第六节核酸序列的提交一、Entrez检索系统(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery?itool=toolbar)二、SRS检索系统(http://srs.ebi.ac.uk)第一节核酸序列的检索三、DBGET/LinkDB检索通过软件，如

2、BioEdit(http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/)、DNAMAN(http://www.lynnon.com/)等获得。第二节核酸序列的基本分析一、分子质量、碱基组成、碱基分布二、序列变换三、限制性内切酶分析REBASE（RestrictionEnzymeDatabase）限制酶数据库(http://rebase.neb.com)1.测序峰图的查看澳大利亚ConorMcCarthy开发的Chromas.exe程序，且BioEdit软件和DNAMAN软件都可以查看。四、克隆测序的分析2.核酸测序载体序列的识别与去除测序克隆被宿主菌核酸序列污染，或目

3、的克隆来自于宿主菌，可通过Blastn直接对GenBank或EMBL数据库进行相似性分析进行判断。RepBase重复序列数据库http://www.girinst.org/server/RepBase/五、重复序列分析cDNA文库EST较长cDNA全长cDNA第三节核酸序列的电子延伸1.5Kb500bp500bp500bp500bp基本过程：1.通过Blast搜索GenBank的EST数据库，选择与待分析的序列具有较高同源性的EST匹配序列；2.将匹配序列和待分析的序列装配产生新序列；3.以新序列作为待分析的序列重复上述过程，直至没有新的匹配序列，从而生成最后的新序列。http:

4、//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi第四节基因的表达、定位分析原理：将待分析序列与EST数据库进行序列对库检索，然后用与待分析核酸序列具有高同源性的EST序列所对应的组织来源进行推断而得到该基因的组织表达谱。一、基因的电子表达图谱分析基本步骤：1.通过Blast搜索GenBank的EST数据库，选择与待分析的序列具有最高同源性比分的EST序列；2.从NCBI的UniGene数据库进行检索，得到相应的UniGene号；3.可通过参与形成UniGeneCluster的序列的组织/细胞来源间接反映待分析序列在哪种组织中表达。http://www.ncbi

5、.nlm.nih.gov/unigene二、基因的电子定位分析通过序列标签位点（STS）定位通过UniGene/RH技术定位利用基因组序列定位利用NCBI的电子PCR资源（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/e-pcr/forward.cgi）1.利用STS数据库进行定位进入NCBI的电子PCR资源（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/e-pcr/forward.cgi）输入待分析的序列根据提供的STS信息进行定位步骤：获得待分析序列对应的UniGene编号，而大部分UniGene序列已经具有明确的定位信息，可以

6、得到待分析序列的基因定位。2.利用UniGene数据库进行定位http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene将待分析序列输入基因组数据库进行同源性检索；得到确定的基因组序列后点击“Genomeview”观察基因组结构；点击红色标记所指示的染色体列表中选择对应的染色体及区域；浏览器中将显示详细的基因定位结果。3.利用基因组序列进行定位BLAST搜索数据库进行基因定位通过基因组数据库定位---NCBI基因组数据库基因定位拟南芥基因组数据库---基因定位酵母基因组数据库---基因定位步骤：获取目的序列；预测可能的编码区和非编码区；通过相关的数据以提高基因识别的准

7、确性（数据库搜索）；利用生物信息学资源分析序列的功能。第五节基因识别策略：先寻找并去掉重复的和复杂性较性较低的序列，再寻找基因及相关调控区域。exonintroexonexon5’3’增强子非翻译区非翻译区GC(-100)CAAT(-70)ATGTATA(-30)TAA/TAG/TGA帽位点(+1)终止位点polyA真核基因结构模式图基因组外显子识别从基因组DNA序别中识别出完整的蛋白质编码序列，即外显子部分。外显子与内含子之间无绝对区分；同一基因不同发育时空，外显子组成不相同；