《生物信息学b》PPT课件

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1、八、农业类数据库的利用美国农部农业图书馆的数据库是一个较全面的收集了农业信息的数据库美国农部农业图书馆主页（http://www.nal.usda.gov/）Database网页不同的数据库农业文献资料（一）农作物比较基因组学分析物种基因组间的比较染色体上基因的分布相同功能基因的序列比较利用模式植物分析大基因组的基因禾本科植物比较基因组数据库水稻（rice）野生稻（wildrice）大麦（barley）小麦（wheat）燕麦（oat）黑麦（rye）玉米（maize）高粱（sorghum）小米（foxtailmillet）珍珠粟（pearlmillet）G

2、ramene数据库（http://www.gramene.org）以一个物种基因组作模板与其它物种基因组比较分析方法：比较基因组分析在Gramene数据库主页点击“MAPS”在Gramene-MAPs网页点击“Maps”在Map网页选择物种然后点击“ChangeMaps”在新网页选择染色体的编号，点击“DrawMaps”显示这条染色体在ricemap网页选择map类型后点击“ShowSelectedSet’sMaps”点击“ShowComparisonMenu”，显示比较染色体的选择栏目选择1条或两条比较的染色体，点击“RedrawMpa”显示比较图可以

3、继续比较新的染色体（二）农作物基因组数据库中的其它内容查询农业类基因组数据库中包含了大量内容基因或分子标记的染色体位置形态标记连锁图分子标记连锁图分子标记RFLP标记cDNA序列标记基于PCR的分子标记（SSR、RAPD）数量性状位点（quantitativetraitlocus,QTL）突变体蛋白质其它1.查看遗传连锁图在Gramene数据库主页点击“MAPS”在Gramene-Maps网页点击“Maps”分析方法（1）：Gramene数据库在Map网页选择物种、选择Map类型，然后点击“ShowSelectedSet’sMaps”在染色体网页可单击每

4、个分子标记查看相关资料以及分子标记中的其它内容。也可以在该网页选择查看其它染色体。在SoyBase主页(http://soybase.agron.iastate.edu)点击“SoyBase”选择“GotoSoyBase”遗传连锁图分析方法（2）：SoyBase数据库在“SoybaseClassBrowser”网页选择“Map”作为查询内容在Map网页选择染色体分析方法（3）：GrainGenes数据库GrainGenes(http://www.graingenes.org)检索方法与SoyBase数据库相似其它植物基因组数据库见:常用生物信息学数据库和

5、分析工具网址2.在遗传连锁图上定位基因将一条水稻cDNA（EI12I1）序列检索核苷酸数据库（Blastn）检索与它同源的基因组序列是否具有分子标记信息通过RGP的网站（http://rgp.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/statusdb/status.pl/）查询AP003076序列是否具有通用分子标记信息Chromosome1的129cM，分子标记：S10712根据已定位分子标记以及与它相邻的分子标记在已知遗传连锁图上的位置，在特定遗传连锁图上定位这条cDNA序列许多性状受多基因调控（数量性质）数量性状位点（quantitative

6、traitlocus,QTL）C161R75310.7G35918.1RG5328.5RM25910.6RM2439.3RG17313.2RM81A22.3G1128b6.8C9042.6R26322.2C393.6RM23734.2C9228.68.3RG1012.7G3932.9RM21216.1C5474.9C23401.1C865.8RG23626.0C1128.3R22011BacterialblightresistanceQTL(Lietal.1999)BlastresistanceQTL(Wangetal.1994)Blastresista

7、nceQTL(Chen2003)BacterialblightresistanceQTL(Chen2001)SheathblightresistanceQTL(Lietal.1995)VirusresistanceQTL(Albaretal.1998)各种QTL的基因？3.查看QTL信息鉴定QTL基因大通量鉴定与某一性状相关的cDNAcDNA芯片分析差减cDNA文库构建，cDNA克隆测序将差异表达的cDNA克隆定位在遗传连锁图上确定染色体位置与已知QTL相对应的cDNA分析该cDNA的表达谱分离克隆目标基因基因功能互补实验超量表达目标基因抑制基因功能（R

8、NAi）C161R75310.7G35918.1RG5328.5RM25910.