《蛋白质序列分析》PPT课件

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1、第六章蛋白质序列分析西北农林科技大学农学院遗传组主讲人：胡银岗第一节蛋白质数据库1.数据库的分类蛋白质的功能主要是由它的结构所决定的，蛋白质的结构主要分为四级，依据这种结构层次，将蛋白质数据库分为：蛋白质序列数据库以蛋白质的序列为主，并赋予相应的注释；如PIR－PSD、SWISS-PROT/TrEMBL,NCBI等蛋白质模体及结构域数据库收集了蛋白质的保守结构域和功能域的特征序列；如PROSITE，Pfam，PRINTS，BLOCKS等蛋白质结构数据库以蛋白质的结构测量数据为主；如PDB等蛋白质分类数据库分为以序列比较为基础的序列分类数据库和以结构比较为基础的结

2、构分类数据库，如SCOP，CAHT，FSSP等2.蛋白质序列数据库http://pir.georgetown.edu/http://www.ebi.ac.uk/swissprot/3.蛋白质模体及结构域数据库PROSITE蛋白质家族和结构域数据库（www.expasy.org/prosite/）PROSITE数据库收集了有显著生物学意义的蛋白质位点序列、蛋白质特征序列谱库以及序列模型，能依据这些特征、属性快速可靠地鉴定出一个未知功能蛋白质序列属于哪个蛋白质家族，即使在蛋白质序列相似性很低的情况下，可以通过搜索隐含的功能结构模体（motif）来鉴定因此，是一个有效

3、的序列分析数据库。PROSITE中涉及的序列模式酶的催化位点配体结合位点金属离子结合位点二硫键、小分子或者蛋白质结合区域等PROSITE还包括由多序列比对构建的序列特征谱（profile），能更敏感地发现序列中的信息。http://www.expasy.org/prosite/Pfam（蛋白质家族序列比对以及HMM模式数据库）http://pfam.sanger.ac.uk/4.蛋白质结构数据库PDB（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）PDB包括蛋白质、核酸、蛋白质-核酸复合体以及病毒等生物大分子结构数据，主要是蛋白质结构

4、数据5.蛋白质分类数据库SCOP蛋白质结构分类数据库（StructuralClassificationofProteindatabase）(http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/index.html）CATH蛋白质结构数据库（CATHProteinStructureClassification）（http://www.cathdb.info/）FSSP基于蛋白质结构－结构比对的折叠分类（FoldclassificationbasedonStructure-StructurealignmentofProteins）（http://e

5、khidna.biocenter.helsinki.fi/dali）http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/index.htmlhttp://www.cathdb.info/http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali6.数据库的利用蛋白质数据库都具备三种功能数据的注释（annotation）所有提交到数据库的数据都要由作者或数据库管理人员进行注释方能发布；数据的检索（search）数据经注释之后，访问者可以通过数据库网页上提供的搜索引擎进行搜索，找到自己所需的蛋白质信息；数据的生物信息分析（a

6、nalysis）访问者一旦找到感兴趣的蛋白质，就可以运用数据库提供的生物信息分析工具对蛋白质序列的未知数据进行预测，如预测蛋白质的理化性质,预测蛋白质的二级结构，多重序列比对等等。PROSITE内容PROSITE主要保存两类信息：模式（pattern）和谱（profile，权重矩阵）。模式可以理解为保守的氨基酸排列方式，通常以氨基酸单字母方式排列。例如酪氨酸激酶磷酸化位点模式[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y或[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y其中扩号表示扩号中的各种氨基酸均可，X表示任意氨基酸，小扩号中的数字表示氨基酸个数。[AC]-x-V-x

7、(4)-{ED}Thispatternistranslatedas:[AlaorCys]-any-Val-any-any-any-any-{anybutGluorAsp}PROSITE-profile示例Profile为对保守区域每一位置氨基酸保守情况进行打分构建的权重矩阵。第一行为该区域出现的氨基酸，每一行为蛋白序列中一个位置，在该位置对各种氨基酸的保守情况都给出一个分值，分值越高表示出现概率越大PROSITE使用注意事项Pattern主要可以用来预测某些生物活性位点，如磷酸化位点、甲基化位点。profile预测可靠性高，可以用来对新蛋白进行分类和提供功能提示

8、。蛋白的功能位点是与其三