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《2010 鹰嘴豆EST资源中SSR的信息分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、第36卷第2期湖南农业大学学报(自然科学版)Vol.36No.22010年4月JournalofHunanAgriculturalUniversity(NaturalSciences)Apr．2010DOI:10.3724/SP.J.1238.2010.00137鹰嘴豆EST资源中SSR的信息分析王显生1，贾钰莹1，顾汉艳1，何小玲1，张桦2，张巨松2，石书兵2，李建贵2*，麻浩1*(1.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室，江苏南京210095；2.新疆农业大学农业生物技术重点实验室,新疆乌鲁木齐830052)摘要：从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列
2、标签EST，去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST．利用SSRIT(Simplesequencerepeatidentificationtool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR，它们分布于865条EST中，出现频率为8.69%，平均长度为15.58bp，平均距离为6.31kb．在鹰嘴豆EST-SSR中，二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%)，其次是三核苷酸重复类型(30.75%)，出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%)．关键词：鹰嘴豆；表达序列标签-简单重复序列；频率；特性中图分类号：S529.024文献标志
3、码：A文章编号：1007-1032(2010)02-0137-05InformationanalysisofESTresourceofchickpea11112WANGXian-sheng,JIAYu-ying,GUHan-yan,HEXiao-ling,ZHANGHua,222*1*ZHANGJu-song,SHIShu-bing,LIJian-gui,MAHao(1.StateKeyLaboratoryofCropGeneticsandGermplasmEnhancement,NanjingAgriculturalUniversity,Nanjing210095,China;
4、2.KeyLaboratoryofAgricultureBiotechnology,XinjiangAgriculturalUniversity,Urumqi830052,China)Abstract：27904ESTsofchickpea(CicerarietinumL.)weredownloadedfromthedatabaseofNCBIandsomeredundantorlowqualitysequenceswereremoved.Finally,11224non-redundantESTswithtotallengthof6198092bpwereobtained.SS
5、RIT(Simplesequencerepeatidentificationtool),awebtoolforSSRhunting,wasusedtoanalyzethesequences.Theresultsshowedthatatotalof982SSRsdistributedin865ESTsweredetected,withthefrequencyforthenon-redundantESTsbeing8.69%.TheaveragelengthanddistributiondistanceoftheEST-SSRswereabout15.58bpand6.31kb.Am
6、ongthedifferentSSRsrangingfrom2to7bp,dinucleotiderepeatsweremostabundant(66.90%),followedbytrinucleotiderepeats(30.75%).Among83identifiedmotiftypes,TA/AThadthehighestESTfrequency(24.95%).TheresultswouldcontributetothedevelopmentofEST-SSRmarkersinchickpea.Keywords：chickpea;EST-SSR;frequency;ch
7、aracteristics表达序列标签(expressedsequencetags，EST)锁分析中使用十分广泛的分子标记之一．但传统基是指通过对从cDNA文库随机挑选的克隆进行单向因组SSR标记是建立在基因组文库构建的基础上测序所获得的一段核酸序列，长度为60～500bp，的，其开发耗时，劳动强度大且费用高．与此相比，[1]其上携带着某个表达基因的部分遗传信息．简单基于EST序列的SSR可以从公用EST数据库中获重复序列(simplesequencerepeats，SSR)，也
