利用SAS统计软件定位

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1、利用SAS统计软件定位家畜群体的QTL报告人:殷宗俊安徽农业大学动物科技学院报告内容用于QTL检测定位的资源群体类型.家畜群体QTL检测定位的方法和手段.利用SAS统计分析软件进行QTL检测定位.实例分析.一、用于QTL定位的资源群体QTL定位主要是确定其在连锁图上的位置，定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性，其基本步骤为：资源群体构建(试验设计)→数据收集→构建标记连锁图谱→标记-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。资源群体类型近交系杂交分离群体BC设计TC设计F2设计重组近交FS设计HS设计孙女设计动物模型二、家畜群体QTL定位的方法和手

2、段现状目前，用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，在使用上存在许多不便：专用性太强；对分子与表型数据的录入要求十分严格；输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。)SAS统计软件的强大功能SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能，并具有易编程和直观易懂等优点。Procmixed;Procnlin;Procilm;SASMacro三、回交群体的QTL分析ProcNlin;R=0.30;/*Recombinationfractionfromthelink

3、agemap*/parmsa=1r1=.15mu=0;bounds0<=r1<=R;r2=(R-r1)/(1-2*r1);ifM=1andN=1thenx=r1*r2/(1-R);ifM=2andN=2thenx=1-r1*r2/(1-R);ifM=1andN=2thenx=r1*(1-r2)/R;ifM=2andN=1thenx=r2*(1-r1)/R;modely=mu-a*x;run;1、SAS程序（最小二乘分析）运行结果Gauss-NewtonIterativephaseIterr1aSquares001.00002069.612.05401.

4、59451489.4…………80.25503.654789.192390.26193.574289.0796100.26183.575589.0796110.26193.575589.0796标准差与置信区间ApproxParameterEstimateStdErrorCI(95%)r10.26190.06830.21150.3122a3.57550.56271.72795.5866四、半同胞群体的QTL分析分析模型：通用SAS程序编制程序中考虑了双侧翼标记单个区间的情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。QTL

5、区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。混合模型过程的最大似然求解procmixeddata=siremethod=ml;classsire;modely=sire;run;procmixeddata=sirelmethod=ml;byl1;classsire;modely=sire;randomz1*sire;run;运行结果ObsL0intervalL1LALRT124062.4610.000124028.1234.3348224062.4610.010124024.9637.4966324062.4610.020124021.9140.55004

6、24062.4610.030124019.0743.3876524062.4610.040124016.5645.8991624062.4610.050124014.4847.9816724062.4610.060124012.9149.5503824062.4610.070124011.9150.5477924062.4610.080124011.5150.94981024062.4610.090124011.6950.76741124062.4610.100124012.4250.04301224062.4610.110124013.6248.84

7、40LRT剖面图五、应用总结SAS软件能进行一般群体的QTL定位研究。Prociml和SAS宏能解决极复杂计算过程。可以在统计基因组学的多个方面扩展应用。谢谢大家！