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1、第28卷第1期海洋学报Vol.28,No.12006年1月ACTAOCEANOLOGICASINICAJanuary2006东海原甲藻的分子鉴定11*12罗立明,胡鸿钧,李夜光,齐雨藻,211吕颂辉,耿亚红,邓光(1.中国科学院武汉植物园/武汉植物研究所,湖北武汉430074;2.暨南大学水生生物研究所,广东广州520632)摘要:采用nrDNAITS序列及18S序列两种分子标记,对东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心(CCMP)的具齿原甲藻进行分子鉴定,结果表明,两者之间序列非常相似,两者的nrDNAIT
2、S序列碱基差异值仅为0.002,nrDNA18S序列的碱基差异值为0.000,根据分子数据,东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心的具齿原甲藻应为同一个种.从基因库获取原甲藻的另外3个种nrD-NAITS序列和8个种的18S序列,用计算机软件进行分析和构建分子系统树,结果显示18S序列用于原甲藻的分子鉴定过于保守,而nrDNAITS更适合于该种属界定的分子标准.关键词:东海原甲藻;具齿原甲藻;nrDNAITS;nrDNA18S;分子鉴定中图分类号:Q948.885.3文献标识码:A文章编号:0253-4193
3、(2006)01-0127-05原甲藻(Prorocentrumdentatum)的藻株是否为同1引言一个种.我们通过分子标记,对这两种原甲藻进行比赤潮是海洋重大自然灾害,不仅严重危害渔业较研究.基因测序目前广泛地应用于藻类分子鉴定生产,还威胁着人类的健康.近年来海洋环境日益恶和分类,其中18SnrDNA和ITS序列为最常用的[7～11]化,赤潮分布范围和出现频率明显增加,赤潮的研究分子指标,本研究以18SnrDNA基因及转录[1,2]受到人们的高度重视.间隔区ITS序列为分子标记,对东海原甲藻和引进对形成
4、赤潮的生物分类鉴定是研究赤潮生物生的CCMP具齿原甲藻进行研究,从分子水平揭示两理生态学、控制及治理赤潮的基础.原甲藻是形成赤者之间的关系.本研究还简要讨论nrDNAITS和[3～5]潮的一种重要的原因种,在我国曾发生过多次.18S序列在原甲藻分子鉴定中的作用.东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是陆斗定等[6]在东海分离的一种赤潮原甲藻,根据细胞形状、2材料和方法大小、超微结构特征,将它定为一新种.这种原甲藻2.1材料是东海最典型的赤潮生物,然而对于该种是否为一本试验所用的材料为暨
5、南大学从东海分离的东新种,目前尚有较大争议,其中争论的焦点为东海原海原甲藻,从CCMP引进的具齿原甲藻CCMP1517甲藻与美国Biglow海洋研究所的国家海洋浮游植藻株,另外3个种的ITS序列和8个种的18S序列物藻种中心(CultureCenterofMarinePhytoplank-来自基因库(见表1).ton,CCMP)保藏的编号为CCMP1517,种名为具齿收稿日期:2004-09-05;修订日期:2004-11-25.基金项目:国家重点基础研究发展规划资助项目(2001CB409701).作者简
6、介:罗立明(1976—),女,广西壮族自治区河池市人,助理研究员,从事藻类学研究,E-mail:llm@rose.whiob.ac.cn*通讯作者,E-mail:hongjun@rose.whiob.ac.cn128海洋学报28卷表1本研究所用材料的种名及在基因库中的序列号NA聚合酶(5unit/μL)0.2μL,基因组DNA提取液2种名序列号μL,加无菌重蒸水至50μL.PCR扩增反应程序如下:ITS序列Prorocentrumdonghaiense实验测序94℃4min,94℃1min,57℃2min,
7、72℃3min,共P.dentatumCCMP1517实验测序32个循环,72℃5min,在PERKINELMER9600型P.minimumAF208244P.micansAF208245PCR扩增仪上进行扩增.P.triestinumAF2082462.2.5ITS及18S序列的测序18S序列P.donghaiense实验测序扩增结果通过1%的琼脂糖凝胶(EB染色)电P.dentatumCCMP1517实验测序P.panamensisY16233泳检测.将扩增产物进行纯化,在3700自动测序仪P.are
8、nariumY16234上进行测序(上海联合基因公司).测序引物仍为扩P.emarginatumY16239增引物,18S序列测序的中间引物系我们自行设计P.minimumY16238P.concavumY16237的16S3N:GCTCGTAGTTGGATTTCTGC.P.maculosumY162362.2.6数据分析P.limaY16235[16]采用clustalX对两个原甲藻rDNAITS区P.mexi
