系统发育树的编辑.doc

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1、系统发育树的编辑与图形输出*可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html#Plottingbioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.htmlDendroscope的使用*该软件可免费下载，地址是：-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscope*该软

2、件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页的“Dowload”条目下点击“Obtainalicensekeyonline”[Useoftheprogramrequiresa license.Academiclicensesarefreelyavailabletoallacademicusers.Usageinnon-academicsettingsrequiresafreecommericallicense. Allusesoftheprogrammustbeacknowledgedby citingourpaper onDendr

3、oscope. Obtainalicensekeyonline.]Yourpersonallicence-keyis:fuiceGUANGXINORMALfuicewwwhotmail.11590779一、树的导入和选择运行“Dendroscope”，点击“File→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。如果一个文件中包含多棵树，可用“Tree→NextTree”和“Tree→PreviousTree”菜单命令选择。用“File→RecentFiles”可直接打开最近编辑过的树文件。用“Windows→En

4、terTree”菜单命令可以在弹出的“Input”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick格式的树。二、树的编辑1.分支的选择：用“Select→……”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。“Select→SelectAll”：选择全部分支和节点。用“Select→DeselectAll”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。“Select→SelectNodes”：选择全部分支节点，包括末端分类单元；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“Select→DeselectNodes”可取消对节点的选择。“Select→Select

5、Edges”：选择全部分支；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。用“Select→DeselectEdges”可取消对分支的选择。“Select→SelectLabeledNodes”：选择有标签的节点；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“Select→DeselectNodes”可取消对这些节点的选择。“Select→SelectLabeledLeaves”：选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支末端。用“Select→DeselectNodes”可取消对这

6、些分支末端的选择。“Select→SelectRoot”：选择树根节点，用“Select→DeselectNodes”可取消对树根节点的选择。“Select→SelectNon-terminal”：选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的非末端分支。用“Select→DeselectEdges”可取消对这些分支的选择。“Select→InvertSelection”：可选定与刚才的选定的对象相反的对象。例如，先用“Select→SelectNodes”命令选定分支节点，则用“Select→InvertSelection”

7、命令可转而选定所有分支；先用“Select→SelectNon-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的与分支末端相连的分支；先用“Select→SelectRoot”选定了树根节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；其余类推。2.分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像“Option→Collapse”：[Collapseselectednodes]可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。用“Optio

8、n→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Opti