mapqtl中文使用说明书.doc

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1、1.新建一个空白文件，就是最后的保存文件，名字可以随便命名。2.导入三个文件，可以从Demo文件里面拷过来，三个文件名字必须保持一致，只需要进行修改里面的内容。第一个是map文件，即通过joinmap或mapmaker软件计算出的各连锁群上位点的结果，和mapchart输入的文件是一样的。如下图：第二个是loc文件，如下图：其中，popt是群体的类型，nind是群体数量，nloc是标记的位点数。此时要注意各位点的顺序必须与map文件的顺序一致。这里有个小诀窍，可以将map文件中的各位点拷到excel中，删掉group

2、和数字等字符，然后点击‘工具’——‘选项’——‘自定义序列’将刚才的顺序定义为一个顺序，然后选中所有位点的数据文件，点击‘数据’——‘排序’——‘选项’，在自定义排序里面选择刚才定义的序列，这样选中的序列就按要求排好了。对于带型的写法，不同群体是不同的，可以参看mapqtl中的说明。第三个是qua文件，也就是数量性状的文件，如下图：其中，nind仍然是群体的个数，ntrt是数量性状的个数，这里由于把单株号也当成数据了，所以ntrt就是实际数量性状的个数加1。对于丢失的数据用‘*’代替。3.数据文件准备好后，就是导入，

3、在mapqtl软件的右边有三个栏，在population栏下加载loc和qua文件，在maps栏下，加载map文件，然后空格键单击选中三个文件，在菜单栏的空白档处选择计算方法，例如intervalmapping或者MQMmapping，然后可以看到计算的功能恢复了，点击计算的小图标。4.经过一会计算后，结果就出来了，里面有qtl位点的染色体位置、LOD值、贡献率（%Expl）、和加性效应等，而且旁边可以看到LOD的示意图（resultchart）。5.然后根据结果可以在mapchart里面画图，或者直接在photos

4、hop里面画。