分子生物学常用软件介绍.doc

《分子生物学常用软件介绍.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、目前，有很多软件可以解决分子生物学研究人员从立项到最后写论文的实际问题。但由于软件的数目太多，而且各个软件开发环境、运行平台和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，这就给使用者造成了许多的不便。赛百盛公司信息部在对相同作用的各类软件进行比较后，推荐一些最实用软件给从事生物研究的工作人员。　　一、实验准备阶段这时一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做的课题的最新的进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。推荐使用软件：ReferenceManager9.0ReferenceManager9.0可以在线通过查找关键词搜索PubMed和

2、609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。　　同类软件：Endnote3.1.2也是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化.　　　　二、实验实施阶段随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引

3、物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。1、综合软件推荐软件：Omiga2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal.W进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制

4、性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（ProteolyticSites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、WisconsinPackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分

5、析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。　　同类软件：DNASIS2.5DNASISforWindows2.5版是日立软件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。在DOS时代，DNASIS7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS会带给我们惊喜。DNATools

6、5.1与Omiga,DNAsis,PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序

7、列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。为避免丢失数据-和你的工作-DNATools包括几个挽救丢失数据的功能：一个5层的撤销/重复功能，重新获得原始序列的恢复功能，项目中加入新文件时的安全备份功能，以及在一定的时间间隔作完全备份或备份你的工作。2、限制酶切位点分析这是分子生物学研究过程中最基本的操作，虽然可以通过文本编辑软件来查找，但过程烦琐（特别是序列长而分析的酶切位点多时）。通过专门的限制酶分析软件，不但

8、方便，不易出错；而且输出的格式多样，满足用户的各种要求。推荐软件：DNAssis