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1、植物非编码小RNA研究进展中国科技论文在线////0>.#植物非编码小RNA研究进展111,2**沈恩惠,刘杨,樊龙江(1.浙江大学,生物信息学研究所和沃森基因组研究院,杭州310058;52.浙江大学,农业与生物技术学院,杭州310058)摘要:在植物和动物中存在着大量非编码小RNAsmallRNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用。本文主要综述了该领域的2方面进展:(1)miRNA介导的phasiRNA:由miRNA介导的phasiRNA可由编码和非编码位点产生,介绍了
2、phasiRNA产生的模式特征,以及phasiRNA和miRNA的进化机制;(2)介绍了最近出现10的内源miRNA诱捕靶标EndogenousTargetMimics,eTM研究进展,包括利用人工诱捕靶标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTM等。关键词:miRNA;siRNA;phasiRNA;eTM;生物信息学中图分类号:S-115Recentstudiesonnon-codingsmallRNAinplants111,2SHENEnhui,LIUYang,FANLongjia
3、ng1.InstituteofBioinformatics&JamesDWatsonInstituteofGenomeSciences,ZhejiangUniversity,Hangzhou310058,China;2.DepartmentofAgricultureandBiotechnology,ZhejiangUniversity,Hangzhou,310058,China20Abstract:Thereareaplentyofnon-codingsmallRNAsinplantsandanimals,wh
4、ichregulategeneexpressionviadirectcleavageoftargetmRNAsorinhibitionoftranslationinpost-transcriptionallevelInthispaper,recentstudiesonmiRNA-mediatedphasedsiRNAsphasiRNAandendogenoustargetmimicseTMwerereviewed:1phasiRNAscanbegeneratedinbothcodingandnon-coding
5、lociandsomerequiremiRNA-mediatedcleavagefortheirbiogenesis.Patternandevolutionarymechanismof25miRNA-mediatedphasiRNAswerediscussed;2genome-wideidentificationandapplicationofeTMsasmiRNAdecoytargets,includingtheuseofartificialtargetmimicstovalidatethefunctions
6、ofmiRNAsandemployingbioinformaticsmethodstoidentityeTMsinthewhole-genomelevelKeywords:miRNA;siRNA;phasiRNA;eTM;bioinformatics300引言在植物中存在着大量非编码小RNAsmallRNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用。在植物中小RNA主要分为两大类:一类是miRNAmicroRNA,另一类是siRNAsmallinterferingRNA。本文主要介
7、绍了由miRNA介导产生的phasiRNA的研究进展,miRNA通过顺式和反式调节方式介导产生siRNA,而35由反式调控形成的phasiRNA会进一步靶向更多的基因,所以受到很多关注。在近年的研究中发现,phasiRNA可在非编码位点和编码蛋白位点介导产生,因其有特定的产生模式特征,所以可以发展生物信息学的方法进行大规模鉴定,此外,研究miRNA与phasiRNA的进化机制,更有助于对phasiRNA的功能研究。同时,本文还阐述了植物内源miRNA诱捕靶标EndogenousTargetMimics,eTM的
8、研究进展。miRNA能靶向某些特定基因,对特定mRNA起到抑制作用,而在植物中进化出了一类长非编码RNA40??eTM,它们能够绑定miRNA,并使miRNA无法剪切,从而使miRNA隔离,维持植物体内的稳态。如今,我们已经可以在植物全基因组水平上大规模鉴定此类长非编码RNA。基金项目:基金项目:水稻种子发育非编码小RNA及miRNA位点表达与驯化选择分析;基金项目类别(206)教育部
