技术指标参数及要求

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1、技术指标参数及要求货物名称技术指标参数及要求数量备注1软件1应用范围（或用途）：。2配置（或系统组成）2.1软件1套3技术指标*3.1软件必须是国际通用、技术成熟的商用软件，所有功能模块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用。*3.2软件必须为标准“客户端-服务器”结构，两端可同时支持Windows和Linux操作系统，所有模块都支持工作流技术。*3.3所有模块必须能实现数据共享，同时能够在局域网上浮动运行。为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性，所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件。3.4软件为永久使用权，首次安装须一次性提供大于80年的许可加密文件，自安装之

2、日起提供为期壹年的软件免费升级。*3.5提供核心基础模块包，实现基本的分子结构显示、分子构建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具，基于Pipeline　Pilot技术实现软件所有模块之间的无缝操作链接流程。核心基础模块包主要功能包括：*3.5.1Standalone：可视化界面，服务器/客户端安装在同一台机器上，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。提供该模块1个使用许可。*3.5.2CHARMm：来自Harvard大学Dr.MartinKaplus的经典的分子力学和动力学模拟工具，要求商业版本且与上述可视化界面完美结合、通过S

3、tandalone可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务，包括基于CHARMm力场的柔性对接工具CDOCKER。提供该模块1个使用许可。*3.5.3Biopolymer：蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具，包括著名的静电分布计算工具DelPhi以及基本的X-Ray工具。提供该模块1个使用许可。*3.5.4ProteinRefine：针对MODELER的模建结果，基于CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高模建结果的合理性。提供该模块1个使用许可。3.5.5Analysis：动力学计算结果图形分析工具，能够分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力

4、学轨迹文件。提供该模块1个使用许可。3.5.6CatalystScore：化合物和药效团叠合并打分，为结构修饰和改造提供信息。提供该模块个使用许可。3.5.7CatalystConformation：多样、完全且快速的构想模型生成工具，可产生化合物的多构象模型，可选择采用Polling或CAESAR算法，也可采用系统搜索或随机方法生成构象。提供该模块1个使用许可。3.5.8QUANTUMm：QM/MM计算工具，结合CHARMm和DMol3的功能完成受体-配体结合能计算。提供该模块1个使用许可。3/33.5.9DMol3Molecular：密度泛函量子力学计算工具，计算分子中与电子相关

5、的描述符。提供该模块1个使用许可。3.5.10MMFF：Merck力场，来自于从头算和实验数据的第二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用。提供该模块1个使用许可。3.6提供基于受体结构的小分子设计工具包，主要功能包括：*3.6.1CFF：ClassII力场，可优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。提供该模块1个使用许可。3.6.2DeNovoEvolution：基于Ludi产生全新的小分子或对已有母核进行侧基改造。提供该模块1个使用许可。3.6.3FlexibleDocking：融合了蛋白侧链优化、Hotspot对接方法、配体多构象生成等多种方法

6、，使用经典的CHARMm力场进行柔性对接的工具。提供该模块1个使用许可。3.6.4DSLibdock：将柔性配体快速对接到受体相互作用热区(Hotspot)的对接工具。提供该模块1个使用许可。3.6.5LUDI：基于受体结构的全新小分子设计工具。提供该模块1个使用许可。3.6.6CatalystDBBuild：建立和管理Catalyst数据库，数据库中可以包括一维、二维、三维和形状属性。提供该模块1个使用许可。3.6.7CatalystDBSearch：利用一维、二维、三维和形状作为联合检索条件，搜索Catalyst数据库。提供该模块1个使用许可。*3.6.8CatalystHypo

7、thesis：自动的药效团产生工具，包括原Catalyst中三种生成药效团的方式：HypoGen(3D-QSARQuantitativePharmacophore),HipHop(CommonFeaturePharmacophore),andHypoRefine(ExcludedVolumefromInactives).提供该模块1个使用许可。3.6.9CatalystSBP基于受体结构反推与受体相作用的小分子的药效团。提供该模块1个使用许可。3.6.10