兰大量子力学计算操作步骤

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1、HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流Gaussian计算实例何永辉（hee_csu@126.com），Mar.,2010作者简介：何永辉，中南大学化学化工学院2007级博士研究生，师从向娟、周飞艨教授，主要研究方向为重大疾病致病机理的研究等。计算优化乙烯结构：假设计算机上已经安装好了Gaussian03和GaussView3.07这两个软件，第一步，写好高斯输入文件：1、开始运行GaussView3.07，点击File、New、CreateMolGroup，打开一个新的窗口，如下图：2、点击按

2、钮CarbonTrigvalent(S-S-D)，打开元素页面，hpc.csu.edu.cnPage1of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流3、点击碳碳双键按钮，在下面蓝色窗口中点两下，建立一个乙烯分子。4、点击菜单上的Calculate，选中Gaussian..，打开高斯计算设置窗口。hpc.csu.edu.cnPage2of19HighPerformanceComputingPlatformofCSUhpc.csu.edu.cn中南大学高性能计算平台用户经验交流Page3of1

3、9HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流5、设定工作类别optimization，6、设定计算方法，GroundState表示计算基态，DFT…表示用密度泛函理论，Unrestricted表示用非限制性的，即分别计算α电子和β电子；B3LYP表示用的函数为B3LYP函数。下一行为计算所用基组设置，本计算采用的基组为6-31G，后面的是加极化函数和弥散函数，我们这儿暂时不考虑。然后再一下行第一个Charge表示计算分子所带电荷量，这里设为0，表示是中性分子；然后是自旋多重度spin，singlet

4、表示自旋多重度为1，分子中没有单电子。hpc.csu.edu.cnPage4of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流7、设置作业标题，手写输入ethyleneopt。8、设置所需资源，%chk=ethylene.chk表示计算结果生成的chk文件命名为ethylene.chk，%mem=6MW表示计算所需内存为6M，%nproc=1表示所需cpu数目为1。hpc.csu.edu.cnPage5of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高

5、性能计算平台用户经验交流9、下一个为General，去掉所有的钩，再后面的Guess（初始猜测）、NBO（成键轨道分析）和Solvation（溶剂化）不用管。10、点击Edit，提示保存作业，如下图所示：hpc.csu.edu.cnPage6of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流11、出现保存页面，输入文件名ethylene.gjf，点击Save保存，12、接着会跳出提示运行gaussian界面，点击Cancel取消，因为我们想在学校的高性能计hpc.csu.edu.cnPage7o

6、f19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流算平台上运算，而不是在windows下运算。然后会跳出写字板，显示出我们刚才设置的的内容，现在我们已经写好了Gaussian计算的输入文件。下一步把文件传到我们学校的高性能计算平台。第二步，上传高斯输入文件至服务器：hpc.csu.edu.cnPage8of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU13、双击桌面的SSHSecureFileTransfer快捷方式中南大学高性能计算平台用户经验交流，打开文件传输软

7、件客户端，输入登陆主机名称hpclogin1.csu.edu.cn，用户名，端口22，然后connect。14、输入登陆密码15、登陆进入学校的高性能计算平台，即服务器。hpc.csu.edu.cnPage9of19HighPerformanceComputingPlatformofCSU中南大学高性能计算平台用户经验交流16、在本地文件夹内找到刚才创建的文件ethylene.gjf，上传到服务器hee_csu/gaussian这个文件夹下。这时，我们刚才创建的高斯输入文件已经上传到了服务器。下一步的工作是提交作业，使服务器开始为我们运算。第三步，也是最后一