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《分子标记技术的类型原理及应用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、分子标记1.分子标记技术及其定义1974年,Grozdicker等人在鉴定温度敏感表型的腺病毒DNA突变体时,利用限制性内切酶酶解后得到的DNA片段的差异,首创了DNA分子标记。所谓分子标记是根据基因组DNA存在丰富的多态性而发展起来的可直接反映生物个体在DNA水平上的差异的一类新型的遗传标记,它是继形态学标记、细胞学标记、生化标记之后最为可靠的遗传标记技术。广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质分子。通常所说的分子标记是指以DNA多态性为基础的遗传标记。分子标记技术本质上都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映基因组之间差异。2.分子标记技术的
2、类型分子标记从它诞生之日起,就引起了生物科学家极大的兴趣,在经历了短短几十年的迅猛发展后,分子标记技术日趋成熟,现已出现的分子标记技术有几十种,部分分子标记技术所属类型如下。2.1建立在Southern杂交基础上的分子标记技术(1)RFLP(RestrictionFragmentLengthPolymorphism)限制性内切酶片段长度多态性标记；(2)CISH(ChromosomeInSituHybridization)染色体原位杂交。2.2以重复序列为基础的分子标记技术(1)(SatelliteDNA)卫星DNA；(2)(MinisatelliteDNA)小卫星DNA;
3、(3)SSR(SimpleSequenceRepeat)简单序列重复,即微卫星DNA。2.3以PCR为基础的分子标记技术(1)RAPD(RandomlyAmplifiedPolymorphicDNA)随机扩增多态性DNA；(2)AFLP(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism)扩增片段长度多态性；(3)SSCP(SingleStrandConformationPolymorphism)单链构象多态性；(4)cDNA-AFLP(cDNA-AmplifiedFragmentLengthPolymorphism)cDNA-扩增片段长度多态性；(5)
4、TRAP(TargetRegionAmplifiedPolymorphism)靶位区域扩增多态性；(6)SCAR(SequenceCharacterizedAmplifiedRegion)序列特征化扩增区域；(7)SRAP(SequencerelatedAmplifiedPolymorphism)相关序列扩增多态性。2.4以mRNA为基础的分子标记技术(1)ESTs(ExpressedSequenceTags)表达序列标签；(2)DD(DifferentialDislay)差异显示；(3)RT-PCR(ReverseTranscriptionPCR)逆转录PCR；(4)DD
5、RT-PCR(DifferentialDisplayReverseTranscriptionPCR)差异显示逆转录PCR；(5)RAD(RepresentativeDifferenceAnalysis)特征性差异分析；(6)SAGE(Serialanalysisofgeneexpression)基因表达系列分析。2.5以单个核甘酸的变异为核心的分子标记技术SNP(SingleNucleotidePolymorphism)单核苷酸多态性标记。2.6以特定序列为核心的分子标记技术mtDNA(MitochondrialDNA)线粒体DNA分子标记。1.代表性分子标记技术1.1RF
6、LP限制性片段长度多态性RFLP(RestrictionFragmentLengthPoly?morphism)作为最早的分子标记技术由Grozdicker创立,并于1980年由Bostein再次提出[3]。其原理是限制性内切酶能识别并切割基因组DNA分子中特定的位点,如果因碱基的突变、插入或缺失,或者染色体结构的变化而导致生物个体或种群间该酶切位点的消失或新的酶切位点的产生。那么利用特定的限制性内切酶切割不同个体的基因组DNA,就可以得到长短、数量、种类不同的限制性DNA片段,通过电泳和Southern杂交转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上,选用一定的DNA标记探针与之杂交,放
7、射自显影后就可得到反映个体特异性的DNA限制性片段多态性图谱。RFLP分析中所使用的探针通常是随机克隆的与被检测物具有一定同源性的单拷贝或低拷贝基因组片段或cDNA片段。其中cDNA探针保守性较强,许多同科物种cDNA探针都可以作为通用探针。RFLP标记技术的优点是:(1)标记广泛存在于生物体内,不受组织、环境和发育阶段的影响。(2)RFLP标记的等位基因是共显性的,不受杂交的影响,可区分纯合基因与杂合基因。(3)可产生的标记数目很多,可覆盖整个基因组。但是RFLP标记技术需要酶切,对DNA质量要求高;由于编码基因
