使用mega6做进化树.pdf

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1、假如你要对比你所测序列E的序列不其他物质的亲缘关系，步骤如下：一，首先要先把你获得E的序列去NCBI网站进行比对，步骤如下：1.登录NCBI网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/2.找到右侧的BLAST，点进去；3.找到页面下方的这个图标，点NucleotideBLAST4.将测得的序列全部粘贴到页面上的这个框里：5.找到页面最下方的Algorithmparameters，在最下面的BLAST旁边勾选“ShowXXXX”后点击BLAST6.然后就会弹出另一个页面，你就得耐心等待了，因为它在比对，比对好后就会出现这样一个界面：7.然后往下拉，就看

2、到好多序列的结果，可以选择所有的序列下载，也可以选择你想要的序列来下载（All/None可全选戒都丌选），选好后点击“GenBank”。8.把所有的序列都勾选后，点右上角的“send”9.出现这个框格，File-FASTA按框格里选择好点CreateFile就可以批量下载内含你所选的序列的“fasta”格式的文件；11改好后打开，把自己的序列按“>名称+序列”的格式紧接在已下好的序列后面，添加好后再把后缀改回“fasta”,便可进行下一步8.312.双击fasta文件，由MEGA6.0打开，如图13.单击W图标中的“AlignDNA”,会提醒你选择序列，单击确定即可，

3、如下图14.比对后的序列如下图。15.然后我们需要把“*”号之外的序列全部删除，只留下"*"标注的序列，保存，保存后得到的是“mas”格式文件16.回到MEGA6.0主页面，在”DATA”中选“OpenAfile/Session”,然后会弹出一个选择文件的窗口，去选择刚刚保存的“mas”后缀名的文件，选择后弹出下方窗口，点“Analyze”。17.回到MEGA5.0的主界面，在菜单栏中选择“Phylogeny”-“Construct/TestNeighbor-JoiningTree…”-“yes”，会弹出一个窗口，里面有很多参数可以设置，以下是Bootstrapcon

4、sensustree基本的设置，可以参考：18.可能由于版本的丌同，在形成的树上无相似度的数字标明，可以参照以下步骤进行标注：