entrez检索系统的简介

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1、一、Entrez检索系统的简介Entrez检索系统是储存和分析关于分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统,是美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)网站http://www.Ncbi.nlm.nih.gov/建立的最受欢迎的检索系统之一，它允许用户从NCBI整合的多个数据库中同时检索文献题录和分子生物学数据。Entrez系统中的数据库均有同样的检索界面,遵循相同的检索规则。这些数据库包含:PubMed:生物医学文献数据库Nucleotide:核酸序列数据库,包括GenBank,RefSeq,和PD

2、B中的序列数据Proteinsequencedatabase:蛋白质序列数据库,包括来自SwissProt,PIR,PRF,PDB,以及自GenBankandRefSeq解码转译的数据Structure:大分子三维结构数据库Genome:完整的基因组数据,包括已经完成基因组测序和正在进行基因组测序的800多种生物体;PopSet:人口研究数据集,指已搜集到的分析人类进化关联的DNA序列集OMIM:人类孟德尔遗传数据库Taxonomy:GenBank中的物种分类学数据库Books:在线生物医学图书ProbeSet:基因表达和微阵列数据集3DDomains:EntrezStructur

3、e中特定功能域的三维结构UniSTS:标记物和遗传学图谱数据(mappingdata)SNP:单核苷酸多肽性数据库1．Entrez系统的检索1.1Entrez检索的基本原理PubMed用查询词自动映射(AutomaticTermMapping)功能将检索词与主题词转换表(MesHTranslationTable)、期刊刊名转换表、短语表、作者索引表进行对照、匹配和转换.检索词被作为主题词和文本词分别检索，并自动形成相应的检索式。1.1.1基本检索:是文献检索查全率的基本方法自由词检索:进人PubMed检索主页面.检索字段为所有字段，在检索框内键人一个或多个检索词语，按Enter或点

4、击c>o按钮。截词检索:也是在所有字段检索的方便方法，它只适用于单词，检索格式是“X*”,X表示一个词的开始部分。如:"immunoglob*”就会检索出immunoglobulin,immunoglobulins,immunoglobin,andimmunoglobins等。1.1.2高级检索:主要用于提高文献的查准率逻辑组配检索:逻辑组配使用大写的布尔逻辑运算符AND,OR,NOT将检索词连接形成检索式进行检索。预览/索引检索:在预览/索引页面的文本框进行多个词语的添加，再点击运算符，就可组配检索。点击预览/索引的预览选择历史记录将显示最新连续检索的三个结果，提供观察检索策略的

5、相互影响。限定检索如果检索结果过多，可采用限定检索范围。Entrez的不同数据库因记录内容不同，各限定检索的条件也将随之而变。PubMed的限定(Limits)检索页面中，提供了字段、文献类型、年龄、出版年份、语种、物质名称、人或动物、性别、子库及分类数据库等多种限定方向的检索形式。常用的字段主要有文章题目[T1]、主题词[MeSH]、[MH]、副主题词[SH]、文本词语[TW]、作者姓名[AU]、期刊号[IP]、期刊名称[TA]、出版卷号[VI]、页码[PG]、出版日期[DP]、出版类型[PT].在默认状态下为所有字段[ALL]。字段英文简称大小1.2　Entrez系统的基本检索

6、用户可通过http://www.ncbi.nih.gov/Entrez直接访问Entrez系统或登录NCBI网站主页的”Entrez”按钮进入Entrez系统。Entrez允许两种检索方式，一种是指定的识别号（uniqueidentifier,UID）,一种是按自由词（textterm）检索。也支持通过e-mail进行检索，如检索MEDLINE,获得关于“angiostatin”的文献，显示20条记录，若前面path设置了e-mail,结果可以自动发送到邮箱中。1.3　特征栏介绍　在检索框下提供了四项选择:Limits,Preview/Index,History,Clipboard

7、。①Limits(条件限定):允许用户根据不同的数据库,进行特定字段的检索。②Preview/Index(预览/索引):提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便;③History(检索史):点击History可浏览检索史,并能进行组配检索;④Clipboard（剪贴版）:因为Entrez系统检索结果输出时只输出显示界面的结果,因此,可将多次检索结果分别粘贴到Clipboard,一并打印或存盘;Clipboard中允许存放的检索结果最多是500条;如果不用,1小