重大科学研究计划2006年项目申报指南

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1、重大科学研究计划2006年项目申报指南蛋白质研究一、重要组织和细胞的动态蛋白质组学研究在细胞和组织等层次上，发现一批具有重要功能的蛋白质以及与疾病相关的蛋白质，并揭示其在生理病理过程中的作用机制。重点研究内容：1．研究人类血液等组织、水稻等重要农作物、结核杆菌等病原微生物的蛋白质组。2．研究细胞周期、细胞分化、细胞凋亡、细胞病变等细胞基本生命活动的动态蛋白质组学和亚细胞蛋白质组学。二、蛋白质功能的三维结构基础的研究结合本研究计划，完成一批具有重要生理功能的蛋白质和蛋白质复合体的三维结构测定和功能研究。重点研究内容：1．与

2、肿瘤发生与转移、基因转录调控、信号传导、生物体胁迫与响应相关的蛋白质及蛋白质复合体的三维结构、研究膜上受体蛋白及通道蛋白的三维结构。2．在原子分辨率水平上研究动态蛋白质复合物形成过程，以及蛋白质相互识别和蛋白质动力学。三、蛋白质质量控制、翻译后修饰和动态相互作用研究阐明蛋白质折叠、组装、转运、翻译后修饰、动态相互作用以及异常折叠的机制，深入认识蛋白质发挥功能的分子基础。重点研究内容：1．新生肽链的折叠和组装、蛋白质异常折叠的发生和后果；细胞内蛋白质降解的机理；胁迫条件下蛋白质的行为和命运。2．蛋白质在细胞内的定位、跨膜转

3、运和动态转位的机理、调节和效应。3．蛋白质翻译后修饰的发生、调节及生理效应。4．蛋白质分子之间的动态相互作用机制及其与蛋白质发挥功能的关系。四、细胞分化和肿瘤发生发展过程中的转录组研究获取细胞分化和肿瘤发生发展过程中的转录组信息；研究蛋白质-RNA作用机制，揭示蛋白质在非编码RNA参与分化过程和肿瘤发生发展过程中的调节作用。重点研究内容：1．研究细胞水平的转录组信息，包括基因不同剪切方式的转录本，反义转录本以及小RNA(microRNA)和其它可转录片段的信息。2．研究蛋白质在基因转录、转录后加工和翻译水平的作用机制；开

4、展非编码RNA分子在转录调控中的作用机制研究。3．开展参与分化过程和肿瘤发生发展过程中相关的基因表达或调控因子的研究；开展与转录调控相关的特定基因簇/蛋白质群的转录组和蛋白质组比较研究。五、蛋白质功能与代谢性疾病发生发展相关的代谢组学研究开展蛋白质功能与代谢性疾病发生发展的代谢组学研究，阐明与蛋白功能相关的重要代谢途径，寻找疾病分子标志物和诊断方法。重点研究内容：1．研究基因、蛋白质和小分子代谢物对代谢网络的调控机理，研究代谢性疾病的分子机理。2．利用代谢组学的技术和方法，发现与蛋白质代谢异常的疾病小分子标志物。3．建立

5、高通量的多肽组学方法和检测功能肽的研究体系，寻找多肽激素或配体信号的受体复合体，研究多肽信号转导及其生物学意义。六、模式生物与细胞等功能系统的系统生物学发展生物系统的结构与功能的高通量定量数据获取的新技术方法；并建立系统生物学数据的整理与挖掘方法，以及新的建模算法，获得模式生物和细胞的系统知识库和模型。重点研究内容：1．采用模式生物与细胞分化模型为研究对象，发展高通量和定量分析功能元件之间相互作用的普适性技术；发展在体蛋白质相互作用的规模化定量检测技术；开展蛋白质动态修饰的大规模检测。2．结合模式生物或细胞分化模型的实验

6、数据，发展有效识别网络结构和功能模块的新算法；发展和完善对海量数据系统化、规模化的综合分析方法，以及发展可用于各类组学及其它实验数据进行对接与整合的方法与平台。七、蛋白质研究的新技术与新方法发展具有自主知识产权的蛋白质科学研究的新技术和新方法。重点研究内容：1．研究高丰度蛋白质的去除新技术和低丰度蛋白的分离富集新技术；研究蛋白质高效分离和高灵敏鉴定的新技术；研究蛋白质翻译后修饰的鉴定新技术。2．研究活细胞内蛋白质-蛋白质动态相互作用实时检测技术、细胞内蛋白质分子水平的可视化和动态三维成像新技术和新方法、多靶标和多配体的适

7、配体分子工程技术。3．研究蛋白质等生物大分子三维结构测定的新技术和新方法。八、人类肝脏蛋白质组重要科学问题研究（委托军事医学科学院牵头的人类肝脏蛋白质组研究团队）开展蛋白质组成和调控网络的研究，完善研究器官、组织、细胞水平的蛋白质组成与动态行为的技术体系。重点研究内容：1、规模化分离鉴定肝组织和亚细胞蛋白质组，重点是鉴定低丰度表达蛋白。规模化分析肝脏翻译后修饰蛋白质，发掘一批具有重要功能的蛋白质并探讨其功能。2、规模化研究肝脏重要蛋白质的相互作用和不同类型细胞的蛋白定位图，揭示肝脏重要功能的调控网络及细胞活动过程中蛋白质

8、的转位。3、重点发展蛋白质组数据的整合、分析和预测新方法。研究人肝脏蛋白质抗体及芯片制备、规模化蛋白质定量等新技术、新方法。九、膜蛋白和蛋白质复合体的功能与结构研究（委托中国科学院生物物理所）建立膜蛋白、蛋白质复合物制备、结构解析及其在亚细胞、细胞、活体等层次功能分析的研究体系，选择具有重大科学意义的膜蛋白和蛋白质复