生物信息学 实验 核酸序列分析

《生物信息学 实验 核酸序列分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、核酸序列分析【实验目的】1、掌握核酸序列检索的基本步骤；2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；3、掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析；【实验内容】1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素(leptin)的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析’3、使用DNAclub软件对人瘦素(leptin)的mRNA序列进行可读框架分析；4、使用NCBI查询系统进行人瘦素(leptin)的基因组序列分析【实验方法】

2、1、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；3、在输入栏输入homosapiensleptin;4、点击go后显示与LEP相关的序列信息，5、查找人leptin的mRNA或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息；6、将序列转为FASTA格式保存7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析(反向或互补序列转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找)；8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组D

3、NA(Contig)的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；9、分析人瘦素(leptin)的基因组序列；查找外显子与内含子序列。【作业】1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果；2、写出人leptinmRNA序列酶切位点3个。ORIGIN1GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGgtaaggccccggcgcgctccttcctccttct61ctgctggtctttcttggcaggccacagggccccacacaactctggatcccggggaaactg121agtcag

4、gagggatgcagggcggatggcttagttctggactatgatagctttgtaccgagt......10681ctccttgcagtgtgtggttccttctgttttcagGCCCAAGAAGCCCATCCTGGGAAGGAA10741AATGCATTGGGGAACCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCA10801AGCTGTGCCCATCCAAAAAGTCCAAGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACAATTGTCAC10861CAGGATCAATGACATT

5、TCACACACGgtaaggagagtatgcggggacaaagtagaactgca10921gccagcccagcactggctcctagtggcactggacccagatagtccaagaaacatttattg......13021aggcagcccagagaatgaccctccatgcccacggggaaggcagagggctctgagagcgat13081tcctcccacatgctgagcacttgttctccctcttcctcctgcatagCAGTCAGTCTCCTC13141CAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACT

6、TCATTCCTGGGCTCCACCCCATCCTGACCTTATC13201CAAGATGGACCAGACACTGGCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAA13261CGTGATCCAAATATCCAACGACCTGGAGAACCTCCGGGATCTTCTTCACGTGCTGGCCTT13321CTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGGGCCAGTGGCCTGGAGACCTTGGACAGCCTGGGGGG13381TGTCCTGGAAGCTTCAGGCTACTCCACAGAGGTGGTGGCCCT

7、GAGCAGGCTGCAGGGGTC13441TCTGCAGGACATGCTGTGGCAGCTGGACCTCAGCCCTGGGTGCTGAGGCCTTGAAGGTCA13501CTCTTCCTGCAAGGACTACGTTAAGGGAAGGAACTCTGGCTTCCAGGTATCTCCAGGATT......16081CACTAGATGGCGAGCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAA16141AGTTAGCTGAGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCCACTCGGGAGGCT

8、GAGACAGG16201AGAATCGCTTAAACCTGGGAGGCGGAGAGTACAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTG