基于基因共表达模块的中药作用机制研究

《基于基因共表达模块的中药作用机制研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、学校名称：华中农业大学分类号：学号：2011304120008华中农业大学硕士学位论文单位代码：10504密级：基于基因共表达模块的中药作用机制研究TheStudyofTraditionalChineseMedicineMechanismBasedonGeneCo--expressionModules研究生：李斌学号：2011304120008指导教师：张红雨教授学位类型：工程硕士领域：生物信息学华中农业大学生命科学技术学院中国．武汉CollegeofLifeScienceandTechnology,HuazhongAgriculturalUniversityWuha

2、n，ChinaIIIIIIIIIfIJIIIIIrlIIIXllfllY2394379华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文鹰如需保密，解密时闯年月弱是否僳密独创性声明本人声明两呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得豹研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和数谢的地方外，论文中不包含莫纯人已经发表或撰霉过的研究成果，也不包舍为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书瓤使用过的材料，指导教i师对此进行7审定。与我一闷王乎每的同志对本骈究所傲的任何贡献均已在论文中做7明确的说明，并表示了谢意。研究生签名：专嗣弋时阗：≯13年‘月f1固学位论文使

3、用授权书本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，却学生必须按照学校要求提交学位论文的印副本和电子版本：学校有权保存提交论文的印刷版和电子版，并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。本人同意华中农业大学萄以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递翻交换服务。同时本人保留在其他媒体发表论文的权力口注：保密学位论文(期涉及技术秘密、商业秘密或申请专剩等潜在需要提交保密豹论文)在解密后蘧用于本授权书。学位论文作者签名：撇导师签名：孙易名约签名日期：≯吣年‘月f了

4、El签名鞠期：of≯年么月f零Et基于基因共表达模块的中药作用机制研究目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．iAbstract．⋯．⋯．⋯．⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯．⋯．．⋯⋯⋯．⋯⋯．．⋯．⋯．⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯．．⋯⋯．⋯⋯iii缩略词索引⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯v第一章前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．11．1中国传统医药学面临的挑战与机遇⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．2中药靶标发现的策略⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯31．2．1基因组技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯31．2．2蛋白质组技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．41．2．3生物信息学技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯41．3中药四物汤、紫草的研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．51．3．1四物汤研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯51．3．2紫草研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯61．4中药基因芯片研究方法概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．71．5基于双聚类算法的基

6、因共表达模块分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．81．6本课题的研究目的和意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一9第二章材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯102．1数据资源⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯lO2．2主要硬件及软件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯112．3基因共表达模块的划分⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．3．1芯片预处理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．122．3．2数据合并及均一化⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．1

7、32．3．3用FABIA算法进行双聚类计算⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．132．4基因共表达模块的分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯142．4．1基因共表达模块GO和KEGG的富集分析：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．142．4．2计算小分子相似性：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．142．4．3靶标预测及富集分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．15第三章结果与讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯17华中农业大学2013届专业学位硕士学位论文3．1基因共表达模块特征分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯