genepop,phylip,fstat,bottleneck等群体遗传学分析软件的使用

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1、!农业网络信息"!""#年第!期交流园地"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"!!!!!!!!几个群体遗传学分析软件的使用!!!!!!!!"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"梁琛!张建海%山西农业大学动物科学技术学院#山西太谷#&#*#’&摘要!本文对+,-./+$YZUZ+[+$?SR和Q[\.Z

2、UZT]等几个常用的群体遗传学分析软件的概况及使用$作了简单介绍%关键词!群体遗传学&软件&+,-./+&YZUZ+[+&?SR&Q[\.ZUZT]中图分类号!^&O!文献标识码!Q文章编码!%&’!_("$’""##$##!%##$$%#"!"#$%&’()*+&$(%,%)*-,./(0-(0&1,’/-0(’2(2*34&$(%./%/&$5-,%,36-$-./RUYT>34#‘,RUY;B94%>9BaT1@@32316R4BJ9@S8B348394I38>41@125$S>94NBR27B8F@AF79@.V@BE

3、37B49b78-&’,5&9S3E379@<16AH973<617=1=F@9AB142343AB8<949@59<+,-./+$YZUZ+[+$?SR94IQ[\.ZUZT]WH373B4A71IF83I234379@@5B4A>B<=9=37G:/61(’)-9+1=F@9AB142343AB8

4、随之而来的是需要处理大量的分’G"功能子数据#传统的人工算法已不能满足目前群体遗传学+,-./+利用简约性(距离矩阵方法及似然法等方分析的要求$与此同时#大量群体遗传学分析软件和软法来推断系统发育关系#其中包括Q11A

5、中的纯+,-./+%+,-.12345/46373483+98:923&是一个推文本的形式保存$也可以从别的程序产生的+,-./+格断系统发育或进化树的软件包#由西雅图华盛顿大学式的数据作为输入文件$输入文件的文件名必须为的;1<3=>?3@<34AA=CDD3E1@FAB14G2343AB8B42A14G3IFD=>5@B=G件名$同时程序运行前需要对选项中各种参数作出选>AJ@$从’)*#

6、年发布至今已有超过’G$万名注册用户#择$成为发布最广泛的系统发育软件包$程序可在KB4$离散数据的处理一般用+97<(MBN(L1@@1=等程序$I1H<(L1<(M98B4A1<>.B4FN平台下运行$+,-./+最新距离矩阵的处理用U3B2>V17或?BA8>程序$不同的分子版本为E&G(%9@=>9&&#总共包含&O个程序#分为两大序列数据有不同处理程序’如对于LURW有I49=97<#部分$第一部分为数据处理(计算#同时可依据不同数I49=3445#I49J1E3#I49J@#I49IB

7、序列数据程序(距离矩阵数据程序#基有=71J@#=71J@:#=71IB

8、数不可超过MM#种群数则没有限制&#缺失的数据或-+.//0123#43*56(+(1’0分析可以用7389’’(程序$用!!或!!!表示#文件的中间和末尾不能有空行&$画树用:*+;<*+5或:*+;(*33程序#前者