基于序列联配的高效可变剪接模式搜索算法和软件

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1、f：学号：答辩日期：关键词：2006年11月11日可变剪接，算法，基因组，联配，癌症。毪■●上海交通大学博1．：学位沦文ADOCTORALDISSERTATIONHIGHPERFORMANCEAIjrERANTIVESPLICINGl’ATTERNSEARCHALGORITHMSANDSOFTWARESBASEDONSEQUENCEALIGNMENTSUBMITEDT0SHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITYINPARTIALFULFILLMENTOFTHEREQUIREMENTSFORTHEDEGREEOFDOCTO

2、R0FPHILOSOPHYINMICROELECTRONICS&SOLIDELECTRONICSBYZHANGXINNovember2006ShanghaiJiaotongUniversity■●●_，上海交通大学博L学位论文上海交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位

3、论文作者虢杀锄欠日期：年月日上海交通大学博上学位论文上海交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密影在3年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密口。(请在以上方框内打“√")学位论文作者签名：弓妖说I己指导教∥I＼r_＼日期：年月Ft日期：年月日·●上海交通大学学位论文答

4、辩决议书中请者．～旅’联⋯⋯～厂⋯所茬莩科“i专亚lj_⋯”r⋯⋯⋯“微电字孥与向体电子孥论文题目‘基于序列联配的高效可变剪接模式搜索算法和软件■蓉辩日期⋯：～I石而i广厂———答孬面i——厂工薄菱通夭孚薇瓣骊秃说“担任职务主席委员答辩委员会成员姓看—～_顶r厂⋯”丽茬下柞革丽备注签名钟扬教授：复旦大学生命科学学院无骆建华～r教授’’r上海菱夭生命科孥技术学院⋯⋯⋯i无干翼匕教授i上海大学理学院无魏冬青

5、教授；上海交大生命科学技术学院委员李亦学l研究员

6、中科院上海生命科学研究院!评语和决议：●●-_^-__^H’__-^rhf⋯_

7、-^。__●。“^_。～无^’’“’“。1-。‘。^_^’““’4’‘。““1’”’’●’。～’。’一无基因剪切在DNA一基因研究中是一个重要的环节，研究基因的可变剪接对理解真核生物基因调控具有十分重要的意义，论文深入系统地研究了可变剪切搜索的ASA(AltemtiveplicingAssembler)算法和GMAP的“三明治”算法DT(AlternativeSplicingDiscoverT001)算法等多种算法。在BLAST软件的基础上，提出了设计高效可变剪切搜索算法的策略，开发出了专门用于可变剪切搜索的ASA算法，和ASDT

8、(AlternativeSplicingDiscoverT001)算法这两种新的算法，并创造性地将其应用于疾病相关可变剪切模式搜索和分析研究，不仅提高了运算速度，而且采用了全新的块联配算法延伸联配片断：提出了全新的K最长参考路径算法用于勾勒剪切模式，使得ASDT更适用于可变剪切模式搜索，其计算速度能够达到或超过现有的cDNA一基因组联配算法。此外论文还提出了使用Fisher精确检验分析可变剪切模式来预测剪切模式与组织类型的相关性，并将其应用于癌症相关的可变剪切模式研究，通过实验数据对比得到了可靠性的证实。研究工作开发的ASDAT软

9、件包，可作为大规模大批量搜索或可变剪切数据库构造的引擎，也可用于一般实验室对可变剪切模式的研究。论文选题目标明确，具有理论和实际应用价值，论文写作规范、逻辑性强，相关研究工作成果已发表学术论文2篇；论文研究涉及到生物学、计算机科学和数学，反映作者已具有良好的科研素养和扎实的理论基础知识以及独立科研工作能力。答辩时回答问题正确。·表决结果：经答辩委员会投票一致同意通过答辩，并建议授予张欣同学工学博士学位。答辩委员会主席胁釉删年ff月ff日．，．J．⋯．一⋯一Ⅷ，_一，．～n+⋯⋯p一1⋯⋯m’··一，，·～．一-⋯，·⋯⋯～⋯一一4

10、-n⋯’p·’’【—————————·———_二二二二二二二—=-—·————二_二=_二■■■二二一二———————■二二．二—■—■——一二二-——二■———一■●●◆基于序列联配的高效可变剪接模式搜索算法和软件摘要可变剪接是指从一种前体mRN