化学信息学试题

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1、废话不多，不花哨，只要实用化学信息学作业基本流程首先声明，本文只是一个标准流程，如果大家有什么特殊的方法请忽略本文。下面我将以使用的软件主线，进行介绍。一、所需数据要算的数据很多，文献中的IC50，PIC50。CHEM3D中的17个描述子，高斯中的3个描述子和N个电荷描述子，Hyperchem中的7个描述子等数据。二、计算准备先将所有需要计算的数据在Excel中列一个表格，如图1图1将所有软件安装好，这里就不再赘述，重点是过程。三、计算过程本过程是经过本人近30次计算得到的最佳流程，配合自己Excel的排列顺

2、序，可以很快速的计算完成，在这过程中，快速利用ALT+TAB，CTRL+C，CTRL+V，EXCEL中的TAB快捷键将能大大加快速度。好了废话不多说，下面是一个化合物的计算过程，每个都是一个样。1.ChemDraw绘制结构。如图2图22.导入Chem3D，方法有很多，可以是CTRL+C，CTRL+V进去，也可以在窗口间直接拖进去。推荐CTRL+C，CTRL+V的方法。图3优化结构图41废话不多，不花哨，只要实用点击图四中的MM2降低能量，得到最低能量结构。转动可转动化学键，先选中可以转动的，一般只选中可变换取

3、代基与主基团相连的那个键。如图5图6点击然后转动之后，选择最低能量位置。图7再次MM2，得到最低能量，有几个可转动的键就转懂多少次。每个键都转一次，找到这样的最低构象。然后是分子动力学，同样是为了优化分子结构。为图4中的接下来电脑会计算一万步，时间约两三分钟，看个人电脑的性能咯。算完之后，再次，优化结构，注意，这两个按键不是同一个。优化完毕后，就是计算Chem3D中的描述子，接下来的动作主要以图为主。如图82废话不多，不花哨，只要实用图8黄色背景的是要点击的，然后进入图9窗口。选择要计算的描述子。图9点击OK

4、，开始计算。得到的结果显示在图10窗口中图103废话不多，不花哨，只要实用这些就是刚才选择的要计算的描述子，所有数据CTRL+C，CTRL+V到EXCEL表中，如图11所示。图11然后是SaveCHEM3D文件，保存成CHEM3D的格式，然而Hyperchem需要一个.mol后缀的文件，这里不解释，就这样做了，后面自然会明白的。于是有Saveas选择文件类型，保存成.mol格式。建议用专门的文件夹区分。如图12。图12.mol放在hyperchem中，Chem3D就放在Chem3D中。ChemDraw所画图形

5、也应分别保存。3.高斯计算。所谓的专业名称我不太清楚，总而言之，我就要里面的数据。同样在Chem3D中操作如图13。图134废话不多，不花哨，只要实用图14选择PM3方法。图15全选描述子。计算之后会得到一个TXT文档弹出，这个文档中存储了所有计算的数据，但由于查找不便，于是在Chem3D窗口中就有显示。分别是电荷描述子，这取决于你的取代基的数量，主结构上被取代位置的原子的电荷就叫电荷描述子。这个就不解释了，相信大家都明白的。如图165废话不多，不花哨，只要实用图16在表格中找到与你分子中对应原子的电荷（下面

6、有个滑动条，拖到最右边就可看到），弄到EXCEL中。接下来是记录高斯计算出来的三个描述子图17弄到EXCEL中。然后是高斯计算输出的TXT文件的处理，此文件也应保存，保存在相应的GS文件夹下。图17这是高斯输出文件，在其中要找到6废话不多，不花哨，只要实用图18其中带-号的，倒数第一倒数第二个是最高占有轨道HOMO，次级HOMO。带正号第一个和第二个是最低占有轨道LOMO，次级LOMO。这些数据记录完了，高斯就算完了。4.hyperchem描述子计算，这个步骤比较简单。打开Hyperchem程序，OPEN前面

7、叫保存的.mol文件。图19图20点击，打开计算窗口。7废话不多，不花哨，只要实用图21有些名字和之前计算的有点重复，但数值不同，都要记录，而且个人经历来看，这里计算的更准一些。分别选中七个，然后点，计算出来结果，这里只能手工输入到Excel中。谁叫这软件比较落后呢。接下来就是无尽的重复，算出每一个化合物的这些数据。接下来就是SPSS建模，同时预测化合物，写文章。附件附上本人的数据记录文件。四、数据处理首先在EXCEL中处理好数据，计算出HOMO-LOMO，这也是一个描述子，有些文献只提供了IC50值，要计算

8、出PIC50，就是负对数。一切准备就绪后，请在SPSS中打开EXCEL表格。图22然后就是线性回归了8废话不多，不花哨，只要实用图23线性回归设置图24图中请将PIC50或者IC50作为因变量，而其余描述子，全部作为自变量来进行回归，注意：IC50，PIC50不能作为自变量。就是要在这些描述子中与PIC50或者IC50建立关系模型，然后就可以利用这个方程来预测化合物了。而老师规定了方程是三元线性一次