棉花根响应黄萎病菌侵染的转录组分析

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1、分类号密级华中农业大学硕士学位论文棉花根响应黄萎病菌侵染的转录组分析454--transcriptomesequencinganalysisofcottonrootsinoculatedbyVerticiUiumdahliae硕士研究生：学号：指导老师：指导小组：刘敏2010301110079张献龙教授聂以春教授郭小平教授林忠旭教授朱龙付副教授涂礼莉副教授专业：作物遗传育种研究方向：棉花功能基因组论文提交时间：2013年4月学位授予日期：2013年6月华中农业大学植物科学技术学院二零一三年四月一苓一=

2、牛四月华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书。学fi，睑乏娃0r抹衔莒血U胃i保蒈i，解律iHJ‘l订Jfr月¨独创性声明f哗咝㈣型本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。研究生签名：剥取时间：加I≥年6

3、月、7日学位论文使用授朽l书本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学一立论文的规定，即学生必须按照学校要求提交学位论文的印刷本和电子版本；学校有书保存提交论文的印刷版和电子版，并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印j竞扫描等复制手段保存、汇编学位论文。本人同意华中农业大学可以用不同方式在不I司媒体上发表．传播学位论文的全部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用，5提供文献传递和交换服务，同时本人保留在其他媒体发表论文的权力。注：保密学位论文(即涉及技术秘密、商业秘密或lp请专利等潜在需要提交

4、保密的论文)在解密后适用于本授权书。学位-仑文作者签名：安1西文导师签名：j蝴比4签名曰期：历哆年易周7日签名日期：U泸哆每￡P7E棉花根响应黄萎病菌侵染的454转录组分析目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一iAbstract⋯．．．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯．．．．．．．．．．．．．⋯⋯．⋯⋯．．ii缩略语表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯iv1前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．11．1植物抗黄萎病研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．2植物抗病基因的克隆与鉴定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯21．2．1利用转座子标签技术克隆植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．21．2．2利用图位克隆法克隆植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．31．2．3利用同源序列法克隆植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．41．2．4通过表达谱测序分离植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

6、．41．2．4．1构建抑制消减杂交文库(SSH)分离植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯．41．2．4．2通过RNA．seq表达谱测序分离植物抗病基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一51．3454转录组测序方法介绍⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．61．3．1454转录组测序的实验步骤⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯71．3．2454转录组测序的运用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯71．3．2．1对物种进行基因组测序及重测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯71．3．2．2通过转录组测序发掘新基因、研究基因的表达调

7、控模式⋯⋯⋯81．3．2．3SNP位点，挖掘分子标记⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯91．3．2．4发现sRNA⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．91．4植物类受体蛋白及其研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯91．5病毒介导的基因沉默技术(Virus—inducedgenesilencing，VIGS)⋯⋯⋯101．5．1植物转录后的基因沉默现象(PTGS)⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．101．5．2VIGS机制及其应用研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．1l1

8、．6研究的目的与意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．122实验材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．1实验材料⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．122．1．1棉花材料和菌种⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．1．2培养基⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．1．3实验试剂⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．2实验方法⋯⋯⋯⋯