湖泊沉积物微生物多样性和厌氧氨氧化菌鉴别研究

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1、分类号：华中农业大学硕士学位论文密级：湖泊沉积物微生物多样性和厌氧氨氧化菌鉴别研究Studyonmicrobialdiversityandanammoxbacteria●1．●m．●●l1一一l(IentlIlCatlOninIakesediments研究生：张钰指导教师：朱端卫教授专业：环境工程获得学位名称：工学硕士赵建伟副教授研究方向：湖泊生态与污染控制获得学位时间：2012年6月华中农业大学资源与环境学院二零一二年六月一令一一，牛六月华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文茅如需保密，解密时间年月日是否保密口独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的

2、研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。研究生签名：碾垃时间：动晓年6月，乙日∥J睹娩张锰铷鲐彩，％【签名曰期：沙陀年6月卜L日签名目期：∞f1年6月IZ．日湖泊沉积物微生物多样性和厌氧氨氧化菌鉴别研究目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯IABSTRACT．⋯．一⋯⋯．⋯．⋯．．⋯．⋯．⋯．⋯．

3、⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯．⋯．．⋯⋯．．⋯．．⋯．⋯．⋯．⋯⋯⋯．．⋯．III1．前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1湖泊富营养化与氮素污染⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．2氮素循环中的微生物作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯21．2．1氮素循环过程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一21．2．2氮素循环中的生化反应及其微生物⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．31-3环境微生物分子生物学技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯71．3．1环境微生物学的发展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一71．3．2传统环境微生物研究方法的局限性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．81．3．3分子生物学在环境微生物学研究中的应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一81．4研究目的与研究内容⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一211．4．1研究目的⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯211．4．2研究内容⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯221．4．3技术路线⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯232．湖泊沉积物微生物群落结构⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯232．1材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．242．1．1采样点的布设⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯242．1．2样品的采集与保存⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯252．1．3沉积物细菌基因组DNA提取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．262．1．4沉积物基因组DNA电泳检测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．272．1．5PCR扩增⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．272．1．6DGGE分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯282．2实验结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．312．2．

6、1湖泊沉积物中细菌基因组的总DNA提取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．312．2．2细菌基因组16SrDNA的V3区PCR特异性扩增结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯．312．2．3沉积物细菌群落结构季节变化⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯322．2．4沉积物细菌群落结构垂向分布⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯552．2．5沉积物细菌基因组DGGE条带测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯622．3讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．672．4小结⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．693．湖泊沉积物中厌氧氨氧化菌的

7、鉴定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．713．1材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯713．1．1厌氧氨氧化菌的巢式PCR⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯713．1．2PCR产物克隆测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯733．2实验结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯733．2．1厌氧氨氧化菌巢式PCR第一轮扩增结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯733．2．2厌氧氨氧化菌巢式PCR第二轮扩增结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯