草鱼亲子亲子关系的微卫星鉴定

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1、学校代码：10264研究生学号：M100101053上海海洋大学硕士学位论文题目：草鱼亲子亲子关系的微卫星鉴定TheparentageassignmentofGrasscarp（Ctenopharyngoclonidellus）using英文题目：microsatellitemarkers专业：水产养殖研究方向：水产动物遗传育种姓名：任昆指导教师：白俊杰研究员二O一三年五月上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的

2、内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论

3、文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注江世贵南海水产研究所研究员主席梁旭方华中农业大学教授委员邹记兴华南农业大学教授委员罗建仁珠江水产研究所研究员委员朱新平珠江水产研究所研究员委员马冬梅珠江水产研究所研究员副秘书答辩地点科技楼1楼会议室答辩日期2013-05-26上海海洋大学硕士学位论文草鱼亲子关系的微卫星鉴定摘要草鱼（Ctenopharyngoclonidellus），俗名鲩鱼，隶属鲤形目（Cypriniformes）、鲤科（Cyprinidae）、雅罗鱼亚科（Le

4、uciscus）、草鱼属（Ctenopharyngodon），是我国一种重要的大宗淡水鱼类养殖品种，已经有1700多年的养殖历史。草鱼自然分布于中国、俄罗斯和保加利亚，先后被引进到93个国家。在中国主要分布于长江、珠江和黑龙江三大水系。作为大宗淡水鱼类中一个年产量最大、养殖面积较广的品种，草鱼目前还没有遗传改良品种。本实验室成员自2010年开始，一直致力于生长速度快的草鱼新品种的选育工作。目前，我们已经开发出一批与生长性状相关的微卫星标记。为促使驯化过程优质高效，筛选优良生长性状亲本，寻找不同野生种群亲本优良组合，培育优良新品种，我们构建了

5、一批不同地理种群草鱼的自交、杂交和家系群体，并对其生长情况进行跟踪。在实验过程中，为了区分不同群体，我们一般采用金属丝或电子芯片标记技术，这些标记费时、价格高、需要人力投入较大，急需寻找简便可靠的亲子鉴定方法来辅助实验。同时发现，草鱼的生产繁育中存在亲本遗传背景不清晰、多数育种场不够注重避免近亲繁殖等问题，从而可能造成草鱼的肉质、生长等性状出现退化。本研究以构建的5个草鱼家系和在长江、珠江等流域采取的一些随机样本作为实验材料，运用微卫星标记方法，寻找可以简单方便地进行草鱼亲子鉴定的微卫星标记组合，为家系同塘对比实验等提供一种标记手段；并计算

6、同胞个体间Nei氏（1978）遗传距离，为判断同胞关系、避免近亲繁殖提供参考。具体研究内容如下：1.微卫星标记的筛选及其可鉴定亲本数选择本实验室开发和文献资料查阅的草鱼微卫星标记共64对，同时根据草鱼ESTs库DNA序列设计引物20对，用84对微卫星标记对5个草鱼基因组DNA进行扩增，选择条带清晰稳定，多态性高的引物作为实验的备用标记。其中选择7对微卫星标记在长江、珠江等流域野外采集的一些随机样本共72尾进行扩增，均为高度多态(PIC≥0.5)，无中度多态(0.25

7、合度介于0.618-0.941，期望杂合度介于0.822-0.934；无效等位基因频率均介于-0.0378-0.1334，等位基因数均大于8，等位基因频率介于0.007353与0.264706之间。这7个微卫星标记亲子排除率是：当两个亲本基因型I上海海洋大学硕士学位论文未知时，单个亲本排除率（E-1P）介于0.342-0.668，平均值为0.52；当一个亲本基因型已知时，另一个亲本的排除率（E-2P）介于0.521-0.802，平均值为0.681；一对亲本组合的亲子排除率（E-PP）介于0.711-0.937，平均值为0.847。模拟分析显

8、示使用这7对引物，在亲本数为452的情况下仍然可以得到良好的鉴定效果。2.亲子鉴定与聚类分析利用7个微卫星标记（H165、H118、H148、H137、H57、H81、4703）