结直肠癌患者外周血基因表达谱的预后价值研究

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1、万方数据复旦大学硕士学位论文结直肠癌患者外周血萱圈壅垄遣箜堡亘笪篁．婴．壅结直肠癌患者外周血基因表达谱的预后价值研究研究生姓名：杨莉院系：肿瘤医院专业：肿瘤学学号：10211230016导师：徐烨副教授导师组成员：蔡三军教授管祖庆副教授蔡国响副教授万方数据论文独创性声明本论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。论文中除了特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人或其它机构已经发表或撰写过的研究成果。其他同志对本研究的启发和所做的贡献均已在论文中作了明确的声明并表示了谢意。作者签名：越论文使用授权声明本人完全了解复旦大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学

2、校有权保留送交论文的复印件。允许论文被查阅和借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容。可以采用影印、缩印或其它复制手段保存论文。保密的论文在解密后遵守此规定·i旷／。万方数据复旦大学硕士学位论文目录中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一旦⋯．．竺⋯⋯⋯⋯⋯避删I⋯一1中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．Y二V-∑-二⋯一万方数据复旦大学硕士学位论文中文摘要结直肠癌患者外周血基因表达谱的预后价值研究研究目的：利用基因表达谱芯片技术确定结直肠癌患者外周血基因表达变化，筛选外周血中与结直肠癌患者预后相关的基因，利用荧光定量PCR技术对候选基因进一步验证，初步探索利用外

3、周血基因表达变化建立结直肠癌的多基因预后模型的可行性。研究方法：第一部分：用PAXgene管分别收集初次就诊的结直肠癌患者术前的外周血样本以及健康志愿者外周全血样本各20例，利用HumanGenomeGeneChipplusU1332．0Array(Affymetrix)全基因组表达谱芯片检测RNA的表达。采用SignificanceAnalysisofMicroarrays(SAM)筛选差异基因：利用DAVIDBioinformaticsResources6．7在线行Panther通路分析和GO生物学功能分析；利用荧光定量PCR技术进行验证，并用One-wayANO

4、VA和Newman．KeulsMultipleComparisonTest双侧检验，验证芯片实验结果。第二部分：用PAXgene管收集已经确诊为结直肠癌患者的治疗前外周全血样本，同时进行临床数据的搜集和随访。利用HumanGenomeGeneChipplusU1332．0Array(Affymetrix)全基因组表达谱芯片检测结直肠癌患者外周血基因表达水平，采用SignificanceAnalysisofMicroarrays(SAM)筛选预后相关基因；利用DAVIDBioinformaticsResources6．7在线行Panther通路分析和GO生物学功能分析。

5、第三部分：利用实时荧光定量PCR技术平台，选取与大肠癌预后相关性最高的前31个基因，在226例结直肠癌外周血样本中进一步验证，采用COX回归分析中的“逐步引入埸0除”方法，从候选基因中筛选出最佳组合的基因，初步建立结直肠癌预后模型；应用Kaplan-Meier法评估生存率，应用log．rank检验评价不同组间生存率的差别。研究结果：第一部分：通过对外周血全基因组表达谱芯片结果统计分析，我们得到1469个基因在结直1万方数据复旦大学硕士学位论文中文摘要肠癌患者和健康志愿者外周血中差异表达。基因特征及功能聚类分析显示这些差异表达基因主要是与免疫功能相关。Panther通路

6、分析分析得出差异表达基因主要与22个明确的基因通路密切相关。其中，特定免疫功能相关的通路显示出很高的相关性，包括B细胞的激活，T细胞的激活，干扰素．Y信号通路，白介素信号通路。此外，一些与血管生成相关的通路，例如PDGF、VEGF和FGF信号通路，也在肿瘤患者外周血中呈现出过度表达水平。GO分析显示差异表达基因主要与74个生物学反应过程增强相关，包括固有免疫应答、信号转导、蛋白质运输、凋亡过程、蛋白磷酸化以及病毒复制。其中，在结直肠癌患者的外周血中，与Toll．LikeReceptor通路相关的一系列基因表达显著上调。第二部分：外周血全基因组表达谱芯片结果统计分析显示

7、，968个基因与预后相关(FDR<0．01)，其中风险基因773个，保护基因195个。基因特征及功能聚类分析显示这些差异表达基因主要是与免疫功能相关。对968个预后相关基因的Panther通路分析显示特征基因主要涉及了Toll．LikeReceptor通路、FGF信号通路、趋化因子和细胞因子介导的炎症信号通路、T细胞的激活。其中，9个与Toll．LikeReceptor通路相关的基因全部为预后风险基因，13个与T细胞激活通路相关的基因中有9个为预后保护基因和4个预后风险基因。GO分析显示与结直肠癌预后相关的主要涉及到的生物学过程有免疫反应、免疫反应过