候选snps与肺癌的关联分析及作用机制的研究

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1、分类号：R392学校代码：10062密级：学号：2011601049博士学位论文DOCTORALDISSERTATION论文题目：候选SNPs与肺癌的关联分析及作用机制的研究TITLETheAssociationAnalysisofCandidateSNPswithLungCancerandTheMechanismofTheSNP一级学科：基础医学二级学科：免疫学论文作者：李小廷指导教师：刘喆天津医科大学研究生院二〇一五年五月分类号：R392学校代码：10062密级：学号：2011601049学位类别：科学学位□√专业学位学科门类：医学博士学位论文DOCTORALDISS

2、ERTATION论文题目：候选SNPs与肺癌的关联分析及作用机制的研究TITLEtheassociationanalysisofcandidateSNPswithlungcancerandthestudyofmechanismoftheSNP一级学科：基础医学二级学科：免疫学论文作者：李小廷指导教师：刘喆天津医科大学研究生院二〇一五年五月中文摘要目的：肺癌发病率在我国已居男性各种肿瘤的首位，然而其发病机制尚不完全明确。目前已经发现多个基因与肺癌有密切的关系如：ras、myc、p53等。最近几年，全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudy,GWA

3、S)发现许多新的单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphisms，SNPs）与肺癌密切相关，部分SNPs位于基因的内含子或基因间区域，其作用机制尚不明确。因此，我们选取了6个新发现的与肺癌相关的SNPs进行关联分析，筛选出与肺癌相关联的SNP位点，进而对与肺癌有关联的SNPs作用机制进行了探讨，为更进一步了解肺癌的发生发展提供理论基础，寻找分子治疗靶点提供理论依据。方法：本实验分为两部分进行，第一部分主要研究候选SNPs与肺癌的关联分析，筛选出与肺癌相关联的SNP位点，第二部分则主要研究该SNP位点的作用机制。第一部分实验，通过病例-对照研究，采用

4、SNaPshot分型技术，在391例病例组和342例对照组人群中，对候选的6个SNPs进行了分型，然后通过统计学分析发现与肺癌相关SNP位点的易感基因。第二部分实验中，我们过表达了SNAI1，然后采用Luciferase实验对rs2853677位点所在区域的序列对TERT基因的调控功能进行了分析。利用电泳迁移率实验（ElectrophoreticMobilityShiftAssay，EMSA）、染色体免疫沉淀（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）实验证明了SNP位点所在区域与蛋白质的相互作用进行了检测。最后通过染色体构像捕获（Chromoso

5、meConformationCapture，3C）技术对rs2853677位点所在区域与TERT基因转录起始位点附近区域的空间构象进行了分析。结果：第一部分实验，通过对6个SNPs位点rs753955、rs2853677、rs2736100、rs4488809、rs2741354、rs12296850基因分型，对肺癌发病进行关联分析发现rs2853677位点、rs2736100位点和rs12296850位点与肺癌（腺癌）的发生有关联，rs2853677位点上突变的等位基因C和rs2736100位点上突变的等位基因G增加罹患腺癌的风险，而rs12296850位点上突变的等位基

6、因G降低罹患腺癌的风险。上述3个SNPs位点在中国人群中得到证实，其可在中国人群中用于预防肿瘤发生检测的标志位点。第二部分实验，我们选取了rs2853677位点进行进一步分析。Lucifer报告基因表明rs2853677位点上下游1kb区域具有增强TERT启I动子活性的功能，且其增强TERT启动子活性的功能受rs2853677位点多态性影响。EMSA实验发现当rs2853677位点为等位基因T时，SNAI1可与该位点附近序列结合，而该位点为等位基因C时则不结合；ChIP实验则证明在T/T纯合的H446细胞系中SNAI1可与rs2853677位点结合而C/C纯合的H209细胞

7、系中SNAI1则不与rs2853677位点结合，SNAI1与该位点的结合则可以抑制增强子的活性，从而降低TERT基因的表达水平。染色质构象捕获（3C）技术确认了rs2853677位点与TERT基因启动子区存在空间上的相互靠近，更进一步验证了该区域存在TERT基因增强子。结论：通过本研究我们发现在中国人群中rs2853677位点与肺癌（腺癌）发生相关，该位点上突变的等位基因C增加罹患肺癌（腺癌）的风险。rs2853677位点所在1kb区域存在增强子而调控TERT的表达，同时rs2853677位点可作为转录因子SNAI