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1、硕士学位论文团头鲂胚胎发育的转录组分析学科专业发育生物学学位类型□√科学学位□专业学位研究生姓名李麒麟导师姓名、职称洪云汉教授刘少军教授论文编号湖南师范大学学位评定委员会办公室二零一五年五月分类号密级学校代码10542学号201202141196团头鲂胚胎发育的转录组分析Transcriptomeanalysisofdevelopingembryosinthebluntsnoutbream研究生姓名：李麒麟指导教师姓名、职称：洪云汉、刘少军教授学科专业：发育生物学研究方向：鱼类发育与遗传学湖南师范大学学位评定委员会办公室二零一五年五月附录
2、湖南师范大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中己经注明引用的内容外，本论文不含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作品成果。对本文的＾１乂明确方式标明研究做出重要贡献的个人和集体，均己在文中。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承捏。学位论文作者签杂：坤｜年月曰湖南师范大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属湖南师范大学．同意学校保留并向国家
3、有关部口或机构送交论文的复巧件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权湖南师范大学可Ｌ义将本学位论文的全部或部分巧容编入有关数据库进行检索，可Ｌ乂采用影印、绝巧或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于１、保密口，在年解密后适用本授权书。／２、不保密ｉｇ。＂”（请在Ｌ乂上相应方框内打Ｖ）曰Ｗ文作者签違种期：年＾月目ＭＫ？导师签名日期：／年Ｊ月１日／摘要团头鲂（Megalobramaamblycephala）,与斑马鱼同属鲤科鱼类，是一种代表性硬骨鱼类，在中国被广泛养殖。本实验室利用远缘杂交的
4、方法以红鲫和团头鲂为亲本进行亚科间杂交，正反交得到了不同的结果。以红鲫为母本、团头鲂为父本正交产生的F1代鲫魴能成活，并有不同倍性后代。而反交组合，即以团头鲂为母本，红鲫为父本，所得后代鲂鲫在胚胎发育到34小时死亡。为了探究这一机制，我们从鲂鲫的母本团头鲂入手，探究其胚胎不同时期基因表达的差异，为研究鲂鲫胚胎发育中基因表达的差异提供参考。具体内容如下：1.取团头鲂受精后0、4、6、12、24、34小时（对应1细胞期、囊胚期、原肠期、原肠晚期、肌节期、出苗期）的胚胎材料，使用IlluminaHiSeq2000平台进行转录组从头测序。6个不同时期
5、样品共测得原始序列26.98Gb，获得Rawreads359,951,288条，当中有89.43%为Cleanreads，被用到后续分析中。将所有样本得到的Cleanreads混合组装为一个胚胎Unigene文件（AllUnigene），此胚胎Unigene文件包括总长度为69,372,357bp，平均长度1077bp的共64,402条序列。各个时期（0、4、6、12、24、34小时）的样品各测得Unigene32,291条、37,921条、46,733条、52,580条、62,785条和67,902条。各个时期Unigene序列的平均长度大
6、于698bp。e－52.通过BLASTX(e-value˂1)将胚胎Unigene文件（AllUnigene）与NCBI-NR，NCBI-NT，Swiss-Prot，KEGG，COG以及GO数据库进行比对。按照以上数据库的优先级，使用ESTScan软件为辅助，对蛋白编码框序列（CDS）进行了预测。对注释到COG和GO数据库的Unigene进行了功能分析。用组装出来的Unigene作为参考序列，通过SSR软件MicroSAtellite(MISA)，进行了SSR分析。使用SOAPsnp检测样品的单核苷酸多态性（SingleNucleotideP
7、olymorphism，SNP）e－6进行SNP的筛选和过滤。利用本地BLASTX(e-value˂1)方法，将Unigene序列注释到Ensembl数据库，找到了每一个Unigene所对应的基因名称。0、4、6、12、24、34小时样品注释到Ensembl数据库I并找到对应基因名称的序列各有9709条、11404条、11393、13046条、15014和14809条。3.使用FPKM（FragmentsPerkbperMillionfragments）法计算基因的表达量，首先对差异基因进行了初步筛选，将差异表达基因定义为FDR≤0.001且
8、FPKM倍数差异在2倍以上，并对10个组合（0vs34,4vs0,4vs6,4vs12,4vs24,4vs34,6vs0,6vs12,12vs24,24vs34）的
