大菱鲆微卫星标记的群体分析及遗传连锁图谱的构建

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1、学校代码：10264研究生号：M120150343上海海洋大学硕士学位论文大菱鲆微卫星标记的群体分析及遗传连锁题目：图谱的构建PopulationAnalysisofMicrosatelliteMarkers英文题目：andConstructionofGeneticLinkageMapforTurbot(ScophthatmusmaximusL.)专业：渔业研究方向：鱼类遗传育种姓名：王广宁指导教师：马爱军研究员二O一五年五月二十六日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文

2、，是本人在导师的指导下，独立进行研宄工作所取得的成果。除文中己经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名:日期年<月/7>日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保

3、存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密d学位论文作者签名：3-T3指导教师签名：jI#曰期:1月/阳曰期：年^•月丨^曰大菱鲆微卫星标记的群体分析及遗传连锁图谱的构建学位论文完成日期:指导教师签字:答辩委员会成员签字:3前i上海海洋大学硕士学位论文大菱鲆微卫星标记的群体分析及遗传连锁图谱的构建摘要大菱鲆是当前我国水产养殖中主要的经济品种之一，为社会产生了巨大的经济效益。实验对大菱鲆的遗传育种进行了研究。为开发大菱鲆的EST-SSR标记，通过建立cDNA文库和测序重组，对大菱鲆转录组进行了微卫星序列分析和初步的筛选

4、。测序后得到了71107条Unigene，从中筛选到39430处含SSR序列，其中含有单碱基重复序列18013条，二碱基重复序列8388条，三碱基重复序列8241条，四碱基重复序列1518条，五碱基重复序列1848条，六碱基重复序列1197条，七碱基重复序列225条。有4251处SSR序列是可以设计引物，随即选取了210处设计引物，有150对经PCR检测有目的条带，19对有多态性，为以后开发大菱鲆EST-SSR标记提供了有价值的信息。对70个微卫星位点和19个EST-SSR标记在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与群体分析。结果显示，70个

5、位点共产生了12种分离方式（♀×♂）。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律（P≥0.05），有25个位点偏离了孟德尔遗传定律（P＜0.05）。平均等位基因数目为2.2，平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信I上海海洋大学硕士学位论文息含量为0.182-0.699，平均值为0.361，固定系数Fis为-0.859-0.957，平均值为-0.215。19个EST-SSR标记的共产生了8种分离方式（♀×♂），19个位点中有7个位点显著偏离了孟德尔遗传定律（P＜0.05）。各位点的等位基因数

6、介于2-5个，平均等位基因数2.316个，观测杂合度平均值为0.503，多态信息含量平均值为0.353，固定系数Fis为-0.405-0.303，平均值为-0.205。以上结果显示这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的遗传育种研究。对群体的分析表明，该大菱鲆养殖群体虽然出现了一定程度的退化，但是遗传多样性水平还比较高，可用于进一步的良种繁育。本研究利用238个标记包括221个微卫星分子标记和17个EST-SSR标记进行了大菱鲆遗传连锁图谱的构建。卡方检验表明，母本连锁图谱中，严重偏分离的（P<0.01）标记数为37个，偏分离比例为21%；父本连锁图

7、谱中，严重偏分离（P<0.01）的标记数为35个,偏分离比例为21.2%。最后构入图谱中的总标记数为136个，雌性图谱94个，长度为1099.8cM，20个连锁群，标记间平均间隔为11.7cM；雄性图谱95个，长度为1214.2cM，22个连锁群，标记间平均间隔12.8cM。并且该图谱还成功定位了9个EST-SSR，由于EST-SSR标记属于Ⅰ型标记，能够进行物种之间的功能比对，这为相关性状的基因筛选，提供了帮助，并且该图谱还能够初步满足QTL定位的研究，为大菱鲆分子标记辅助育种的发展提供了帮助。II上海海洋大学硕士学位论文关键词：大菱鲆，EST

8、-SSR，微卫星位点，遗传变异，基因分离，群体分析，连锁图谱III上海海洋大学硕士学位论文PopulationAnalysisofMic