VBM处理流程-PDF

《VBM处理流程-PDF》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、第一部分数据处理软件简介第二部分结构像的处理第一部分数据处理软件介绍所需软件1.Matlab(version:7.1R14)2.SPM5(updates_958)3.VBM插件4.MRIcron(version:beta7)1.Matlab(version:7.1R14)Figure1．Matlab主界面在所有实验中，我们都将使用Matlab7.1软件包。在安装完毕后，双击快捷方式图标打开Matlab。点击Matlab窗口上方的View菜单，勾选CommandWindow,CommandHistory,CurrentDirectory和Workspace。这时，Matlab将

2、呈现四个子窗口：1)CommandWindow：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab显-1-示计算结果的地方；2)CommandHistory：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令；3)CurrentDirectory：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息；4)Workspace：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中。Figure1.就是Matlab的标准工作界面，上述四个子窗口可以自由拖动改变位置。此时，Matlab处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口中直接输入命令语句。2.设置路径设置路径命令窗口Figure2.设置当前

3、路径3.添加搜索路径(setpath)，SPM51)点击Matlab最上方的“File”菜单，在下拉菜单中选择“SetPath”2)在弹出的路径设置窗口中选择“AddwithSubfolders”，浏览并点选目标文件夹（如Fig.2所示），然后点“确定”3)点击“Save”按钮4)检查该路径是否添加到右侧的搜索路径列表中5)点击“Close”按钮-2-Figure3.Figure4.-3-Figure5.4.VBM插件下载VBM5是一个SPM5的插件，可以从以下网址下载：http://dbm.neuro.uni-jena.de/vbm/download/,下载后将vbm5文件

4、夹拷贝到spm5/toolbox下即可。第二部分结构像的处理一般我们对3DT1结构像的处理，是为了对大脑结构进行基于体素的形态学分析，即VoxelBasedMorphometry(VBM)，分为以下几步：配准、分割、平滑、统计分析（参见GoodCDetal.,Neuroimage2001）。本部分主要介绍以下几步：V数据格式转换V结构像数据预处理V统计分析1.数据格式转换：DICOM->NifTI格式,可以用MRIcroN或者SPM5进行数据转换-4-（1）用MRIcron所带的dcm2niigui工具进行转换1)进入MRIcroN的安装路径，双击“dcm2niigui.ex

5、e”，出现数据转换界面如下：Figure1.2)点击Help菜单，选中Preferences，打开数据转换参数设置对话框；设置方法可以参考下图（涉及到输出数据的文件名设置等）：Figure2.3)在菜单栏下方，选择输出格式(OutputFormatehdr/img)”，如所示：-5-Figure3.4)在文件选择窗口中选择DICOM数据所在文件夹，点确定；Figure4.（2）SPM5数据转换在SPM的管理窗口中点击DICOMImport按钮Figure5.在弹出的输入文件选择窗口中选择DICOM原始数据，点击Done进行确认：-6-当前路径下的文件当前路径下的文件所选文件窗

6、口Figure6.在弹出的输出路径选择窗口中选择存放输出文件夹，点DoneFigure7.-7-在左下角的窗口中需要输入用户指定参数Outputimageformat[Twofile(img+hdr)NIfTI]UseICEDimsinfilename[No]Figure8.-8-2.结构像数据预处理1)启动vbm5小插件Figure9.2)单击vbm5，在左下角窗口出现如下图所示Figure10.-9-3)Normalizing,Bias-Correcting,Segmenting参数设置如下：选中Data，点击SpecifyFiles，选择原始T1数据，点击doneFig

7、ure11.Figure12.-10-4)双击选择Estimationoptions，单击Tissueprobabilitymaps，单击SpecifyFiles,选择灰质白质和脑脊液模板“grey.nii”,“white.nii”,“csf.nii”。注意默认设置为/Spm/spm5/tpm下提供的模板，若是要用customized模板，需要按照顺序输入自己创建的模板：“grey.nii”,“white.nii”,“csf.nii”Figure13.5)AffineRegularisation　　Sp