分子对接技术简介

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1、分子对接技术简介胡远东1.DockingsmallmoleculeswithLibDocktutorial目的：给一组配体分子和蛋白活性部位，探索使用LibDock进行对接和分析所需功能和模块：DiscoveryStudioVisualizerclient,DSLibDock,和DSCatalystConformation.所需数据文件：pdb1kim_protH.msv和TK_xray_ligs.sd.所需时间：20分钟介绍本教程中，一组配体分子将被对接到胸苷激酶（thymidinekinase）中，本教程包括：•准备分子对

2、接体系，执行分子对接计算•分析配体对接姿态准备分子对接体系，执行分子对接计算1.定义受体分子Todefinetheproteinasthereceptor在文件浏览器中找到数据文件pdb1kim_protH.msv，鼠标双击，该蛋白将在一个新的三维窗口中出现。在系统视图中，展开，点击1kim_proth选择它。然后在工具浏览器中从下拉列表中选择Receptor-LigandInteractions，打开Receptor-LigandInteractions工具面板，在BindingSite工具面板下的Definit

3、ion工具组中点击“DefineSelectedMoleculeasReceptor”将前面选择的蛋白分子1kim定义为受体分子供下一步使用。2.发现受体中可能的结合部位在BindingSite工具面板中点击FindSitesfromReceptorCavities发现受体中可能的结合部位。在系统视图中展开1kim_proth，可以看到识别出9个可能的结合位点，最大的可能的结合位点被展示在图形视图中。注：使用Display工具组中的NextSite和PreviousSite观看其它结合位点图受体活性位点示意图3.从结合部位定义

4、球在系统视图中点击选择Site1，点击View工具栏中的FitToScreen按钮放大结合位点，然后点击BindingSite工具面板下Definition工具组中的DefineSpherefromSelection，这在结合部位定义出一个红色球，球的名称为SBD_Site_Sphere。4.修改活性部位球半径在体系视图中，点击“SBD_Site_Sphere”选择它，接着右键点击“SBD_Site_Sphere”选择“AttributesofSBD_Site_Sphere...”，打开“SphereObjectsAttrib

5、utes”对话框，在对话框中找到半径（Radius）那一行，将值设置为9，点击OK按钮。增大半径的目的是为了使得活性部位的大多数点被包含在这个球内，这点可以从视图窗口得到证实。在体系视图中通过点击“Site1”前面的框将“Site1”从三维窗口中隐去，在接着的对接中“Site1”不会被用到。按CTRL+T隐去窗口中的数据表格（DataTable）。5.以表格浏览器形式打开配体文件在文件浏览器中找到配体文件TK_xray_ligs.sd，双击，配体文件以表格浏览形式打开。图以表格形式浏览待对接分子6.打开流程，修改参数在Prot

6、ocols浏览器中展开Receptor-LigandInteractions文件夹，双击DockLigands(LibDock)流程，流程对应参数在参数浏览器中打开。在参数浏览器中，点击InputReceptor参数，从下拉列表中选择pdb1kim_protH:1kim_proth设置受体蛋白。点击InputLigands参数，接着点击按钮，打开指定配体对话框。在对话框中点击AllligandsfromaTableBrowser单选按钮，从下拉列表中选择TK_xray_ligs，然后点击OK按钮，指定对接配体。点击InputS

7、iteSphere参数，从下拉列表中选择coordinatesofthesphere。点击DockingPreferences参数，从下拉列表中选择UserSpecified，这允许你为对接计算改变特定的参数。展开DockingPreferences参数，点击MaxHitstoSave参数，输入值10。注：对本教程，降低缺省设置导致报告的配体对接姿态数目减少。图对接参数设置7.运行分子对接计算，查看结果点击流程工具栏（Protocolstoolbar）中的按钮运行作业，等待作业完成。这个作业在Pentium4,2GbRAM,2

8、.8GHzmachine电脑上大约需要花1分钟。为清晰起见，从菜单栏中选择“Window

9、CloseAll”关闭不必要窗口。待作业完成后，双击作业浏览器中刚完成的分子对接作业，打开Report.htm，点击该文件中Output部分的ViewResults链接，打开对接计算的结