序列分析软件DNAMAN的使用

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1、序列分析软件DNAMAN的使用方法简介饶志明博士/教授／博士生导师江南大学生物工程学院工业微生物中心江南大学工业生物技术教育部重点实验室E-mail:raozhm@jiangnan.edu.cnDNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应

2、的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。如何使用DNAMAN分析序列1．将待分析序列装入Channel通过FileOpen命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。通过Sequence/LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设

3、定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。2．以不同形式显示序列通过Sequence//DisplaySequence命令打开对话框，根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition显示序列和成分2．以不同形式显示序列ReverseComplementSequence显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence显示待分析序列的反向序列ComplementSequence显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence显示待分析序列的双

4、链序列RNASequence显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）3．DNA序列的限制性酶切位点分析Ignoreenzymes

5、withmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切位点）TargetDNA（目标DNA特性）Circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。）选

6、择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（

7、例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度；End酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。4．DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列

8、比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，点击对比界面左上角的按