R语言入门及绘图实例

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1、R语言入门及绘图实例罗奇斌概要1.R语言的介绍2.R语言的程序包3.数据管理4.R语言绘图1.1什么是R语言？•R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。1.1R语言的历史R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。后来Auckland大学的RobertGentleman和RossIhaka及其他志愿人员开发了一个R系统。S-PLUS的使用手册，只要稍加修改就可作为R的使用手册。所以有人说：R，是S-PLUS的一

2、个“克隆”。但是请不要忘了：R是免费的(Risfree)。1.2为什么选择R语言？•丰富的资源涵盖了多种行业数据分析中几乎所有的方法。•良好的扩展性十分方便得编写函数和程序包，跨平台，可以胜任复杂的数据分析、绘制精美的图形。•完备的帮助系统每个函数都有统一格式的帮助，运行实例。•GNU软件免费、软件本身及程序包的源代码公开。1.3R与其他统计软件比较•SAS:速度快，有大量统计分析模块，可扩展性稍差，昂贵。•SPSS:复杂的用户图形界面，简单易学，但编程十分困难。•Splus:运行S语言，具有复杂的界面，与R完全兼容，昂贵。……1.4R语言的缺点•用户需要对命令熟悉与代码打交道，需要记住常

3、用命令。•占用内存所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。•运行速度稍慢即时编译，约相当于C语言的1/20。•相比点击鼠标进行操作，R仍能够大大提高效率。1.5R语言的下载和安装•R软件首页http://www.r-project.org/1.5R语言的下载和安装TheComprehensiveRArchiveNetwork简称CRAN，由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天推荐镜像：中国的镜像:数学所http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/即时更新的CRAN源http://cran.r-projec

4、t.org/1.5R语言的下载和安装•Windows下载和安装R–CRAN:RBinaries>windows>base下载完成后，双击R-3.0.1-win.exe开始安装。一直点击下一步，各选项默认，语言建议选英文。1.5R语言的下载和安装•Mac下载和安装R–CRAN:RBinaries>macosx下载完成后，双击R-3.0.1.pkg开始安装。一直点击下一步，各选项默认，语言建议选英文。菜单栏快捷按钮光标:等待输控制台入R登陆界面(Windows版)路径：开始>所有程序>R3.0.0RGui的File菜单RGui的Edit菜单RGui的Packages菜单RGui的Help菜单概

5、要1.R语言的介绍2.R语言的程序包3.数据管理4.R语言绘图2R语言的程序包程序包是什么？R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。Window下的R程序包是经过编译的zip包。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。为什么要安装程序包？R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。2.1常用R程序包(I)ade4利用欧几里得方法进行生态学数据分析adephylo系统进化数据挖掘与比较方法ape系统发育与进化分析apTreeshape进化树分析bootBootstrap检验cluster聚类

6、分析ecodist生态学数据相异性分析FD功能多样性分析geiger物种形成速率与进化分析2.1常用R程序包(II)Graphics绘图lattice栅格图maptools空间对象的读取和处理mefa生态学和生物地理学多元数据处理mgcv广义加性模型相关mvpart多变量分解nlme线性及非线性混合效应模型ouch系统发育比较pgirmess生态学数据分析phangorn系统发育分析2.1常用R程序包(III)picante群落系统发育多样性分析raster栅格数据分析与处理seqinrDNA序列分析sp空间数据处理spatstat空间点格局分析，模型拟合与检验splancs空间与时空点格

7、局分析statsR统计学包SDMTools物种分布模型工具vegan植物与植物群落的排序，生物多样性计算2.2程序包的分类介绍三种平台上的程序包vegan包页面2.3程序包的安装在CRAN提供了每个包的源代码和编译好的程序包以vegan包为例，CRAN提供了：Packagesource:vegan_2.0-7.tar.gzMacOSXbinary:vegan_2.0-7.tgzWindowsbinary:vegan_2.