转录因子研究方法进展.pdf

《转录因子研究方法进展.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、生理科学进展2017年第48卷第1期·73·*转录因子研究方法进展1，2121，21，2，△刘相莲乔芳黄德玉袁宗辉王旭1(华中农业大学动物医学院，武汉430070;2华中农业大学国家兽药残留基准实验室(HZAU)、农业部食品兽药残留检测重点实验室，武汉430070)摘要转录因子是可直接或间接与顺式作用元件相结合，调控靶基因转录效率的一组蛋白质。随着近年来对转录因子关注度的提高，转录因子的研究方法也越来越多，并朝着高灵敏度、高准确性及高通量的方向不断发展。本文主要从转录因子的结构特征及其研究方法两方面进行综述，重点对EMSA、Y1H、双荧光素酶报告基因检测、ChIP-seq、ChIP

2、-chip、互作微孔板芯片等技术的基本原理、优缺点和应用进行阐述，以期为后续转录因子的鉴定、功能分析及靶基因研究提供理论和技术上的参考。关键词转录因子;结构特征;研究方法中图分类号Q291转录因子(transcriptionfactor)，也称反式作用过对上述方法技术的基本原理、优缺点和应用等方因子，是能与位于转录起始位点上游50～5000bp面进行阐述比较，旨在为后续转录因子功能分析及的顺式作用元件、增强子或沉默子结合并参与调节靶基因研究提供参考。［1］靶基因转录效率的一组蛋白。转录因子可分为一、转录因子的结构特征通用转录因子和特异转录因子两大类，在大多数基转录因子是一类具有序列

3、特异性的双链DNA因转录中都需要的转录因子为通用转录因子;个别结合蛋白，主要包括3个功能结构域，即DNA识别基因转录所必需的蛋白因子为特异转录因子，如或结合结构域、转录调控域以及结合于其它调控蛋Oct-2是在淋巴细胞中特异性表达的，它能识别Ig白的调节结构域。除此之外，还有一些转录因子具基因的启动子和增强子。在哺乳动物细胞中，一个有转录后调节结构域，如二聚化结构域和磷酸化位转录因子可以调控多个靶基因，一个靶基因也同时点，二聚体的形成对它们行使功能具有重要意义。受到多个转录因子的调控，从而形成复杂的基因表一些化学小分子可以影响转录因子的二聚化作用或达调控网络体系。2012年日本京都大

4、学Yamanaka影响转录因子与DNA分子的结合，从而调控转录因教授发现Oct4、Sox2、Myc和Klf4可以逆转体细胞成子介导的基因表达。［2，3］(一)DNA识别或结合结构域DNA结合域即为干细胞，并因此获得诺贝尔生理学奖。基因调控区域转录因子结合位点，与靶位点专一性近年来，大量的研究表明转录因子与疾病的发结合来调控基因的转录效率，一般由60～100个氨生、发展密切相关，在基因表达调控研究中一直备受基酸残基组成的亚基组成，是发挥其转录调控功能关注。例如，转录因子MEF2C通过抑制NF-κB和［4］的首要条件之一。一个转录因子往往同时调控若干KLF2基因表达来调节内皮细胞炎症过

5、程。敲除个基因，而它在不同基因上的结合位点具有一定的转录因子AKNA基因的小鼠，发生弥漫性炎性病保守性，又不完全相同，可能是拥有相似序列的多个变，中性粒细胞浸润，造成严重的肺损伤，还与宫颈［6］［5］区域都能成为靶结合区。在DNA结合域的结构癌的发生密切相关。随着对转录因子关注度的基序中，锌指结构、亮氨酸拉链区和螺旋-环-螺旋最提高，相应的研究转录因子的方法也越来越多，其中为普遍，约占已知转录因子的80%左右。电泳迁移率改变分析(electrophoreticmobilityshift1．锌指(zincfinger)结构:大约由30个氨基酸assay，EMSA)，双荧光素酶报告基因

6、检测，酵母单杂残基组成，其中含有四个半胱氨酸或两个半胱氨酸交系统(yeastone-hybridsystem，Y1H)，染色质免疫共沉淀(chromatinimmunoprecipitation，ChIP)-seq，*国家自然科学基金(31572575和31272614);中央高校基ChIP-chip以及互作微孔板芯片技术，被广泛应用于本科研业务费专项基金(2662016PY115)资助课题研究蛋白质与DNA相互作用的方法技术。本文通△通讯作者·74·生理科学进展2017年第48卷第1期［10］和两个组氨酸残基组合，这4个氨基酸与锌离子络子相互作用，协调基因的相关转录。合而形成稳定

7、的指状结构。整个蛋白质分子有2～二、转录因子的研究方法8个这样的锌指重复单位。每一个单位其指部伸入(一)EMSA技术EMSA也称DNA迁移率变DNA双螺旋的深沟，接触5个核苷酸。例如与GC动试验，是经典的研究转录因子的体外方法。该方盒结合的转录因子SP1中就有连续的3个锌指重复法不仅简单、迅速而且灵敏度较高;另一方面它可以［7］结构。用竞争性试验来评价蛋白和核酸结合的特性。末端2．碱性-亮氨酸拉链(basicleucinezipper，bZ-标记的核酸探针可以与蛋白质