酶切位点识别序列.doc

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1、酶切位点（RestrictionEnzymecuttingsite）：DNA上一段碱基的特定序列，限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA序列切成两段。　　可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，　　有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WWPCR引物设计时酶切位点的保护碱基表不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）保护碱基：当酶切位点在双链DNA的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断(简单的想

2、象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了……=_=

3、

4、

5、)所以经常在引物设计时，在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上2、3个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是5‘GCTAGCNNNNN……3’可以改成5‘CAGGCTAGCNNNNN……3’呃……CAG是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量酶寡核苷酸序列链长切割率%2hr20hrAccIGGTCGACCCGGTCGACCGCCGGTCGACCGG81012000000AflIIICACATGTGCCACATGTGGCCCACATGTGGG810120>

6、90>900>90>90AscIGGCGCGCCAGGCGCGCCTTTGGCGCGCCAA81012>90>90>90>90>90>90AvaICCCCGGGGCCCCCGGGGGTCCCCCGGGGGA8101250>90>90>90>90>90BamHICGGATCCGCGGGATCCCGCGCGGATCCGCG8101210>90>9025>90>90BglIICAGATCTGGAAGATCTTCGGAAGATCTTCC81012075250>90>90BssHIIGGCGCGCCAGGCGCG

7、CCTTTGGCGCGCCAA81012005000>90BstEIIGGGT(A/T)ACCC9010BstXIAACTGCAGAACCAATGCATTGGAAAACTGCAGCCAATGCATTGGAACTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT22242702525050>90ClaICATCGATGGATCGATCCCATCGATGGCCCATCGATGGG88101200>905000>9050EcoRIGG^AATTCCCGG^AATTCCGCCGG^AATTCCGG81012>90

8、>90>90>90>90>90HaeIIIGGGGCCCCAGCGGCCGCTTTGCGGCCGCAA81012>90>90>90>90>90>90HindIIICA^AGCTTGCCA^AGCTTGGCCCA^AGCTTGGG8101200100075KpnIGGGTACCCGGGGTACCCCCGGGGTACCCCG810120>90>900>90>90MluIGACGCGTCCGACGCGTCG810025050NcoICCCATGGGCATGCCATGGCATG814050075NdeICCAT

9、ATGGCCCATATGGGCGCCATATGGCGGGGTTTCATATGAAACCCGGAATTCCATATGGAATTCCGGGAATTCCATATGGAATTCCC81012182022000075750000>90>90NheIGGCTAGCCCGGCTAGCCGCTAGCTAGCTAG810120101002550NotITTGCGGCCGCAAATTTGCGGCCGCTTTAAAATATGCGGCCGCTATAAA1216200101001010ATAAGAATGCGGCCGCTAAACT

10、ATAAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA2428252590>90NsiITGCATGCATGCACCAATGCATTGGTTCTGCAGTT122210>90>90>90PacITTAATTAAGTTAATTAACCCTTAATTAAGG81012000025>90PmeIGTTTAAACGGTTTAAACCGGGTTTAAACCCAGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG81012240007502550>90PstIGCTGCAGCTGCACTGCAGTGCAAACTGC

11、AGAACCAATGCATTGGAAAACTGCAGCCAATGCATTGGAACTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT814222426010>90>900010>90>900PvuICCGATCGGATCGATCGATTCGCGATCGCGA81012010002510SacICGAGCT^CG81010SacIIGCCGCGGCTCCCCGCGGGGA8120500>90SalIGTCGACGTCAAAAGGCCATAGC