系统进化树的制作ppt课件 (2).ppt

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1、打开ClustalX1234进行完全比对567由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开，所以此改用fasta格式保存并命名为cob289选择此项可打开比对过的文件1011121314151617选择邻接法（NJ法）构建系统发育树18设置Bootstrap值为100设置Gap处理为两两删除设置模型为Kimura-2-Parameter19此为原始的树20此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081为外群21此为树根，即所有物种最近共同祖先外群树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一

2、支的即代表在进化上相对较近。22选择最大简约法（MP法）构建系统发育树23设置Bootstrap值为10024此为原始的树25此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081作为外群26此为树根外群树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。27对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。28以同样的方法制作cox1序列的系统发育树结果如下29此为NJ法的原始树30此为NJ法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标P

3、laceRootonBranch选择NC006081作为外群31此为树根外群树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。32此为MP法原始的树33此为MP法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择外群34此为树根外群树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。35对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。36