转录组测序及EST-SSR引物开发.ppt

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1、转录组测序及EST-SSR引物开发转录组测序基本原理种子无菌苗的制备1.种子灭菌2.培养基配置（MS或1/2MS，控制好PH值）3.无菌苗培育（丛生芽诱导、丛生芽增殖）先暗培养，种子发芽后进行光照培养样品需求量（单次）：≥20ug；样品浓度≥250ng/uLEST-SSR引物开发原始序列数据↓Cleanreads↓Unigenes组装↓UnigenesSSR分析←质控、数据过滤EST：ExpressedSequenceTags，即表达序列标签，指从cDNA文库中随机挑取单克隆测序所获得的序列片段，序列长度一般约为60-5

2、00bp，由于cDNA的5’端或3’端的有限序列可特异性地代表一个基因，故称为“表达序列标签”。特点：EST作为表达基因所在区域的分子标签，因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如RAPD、SSR、AFLP等）相比，更有可能突破家系与种的限制。因此，EST标记在亲缘关系较远的物种间具有更重要的意义。(1)转录组序列SSR位点的查找与引物设计；(2)SSR标记引物的设计和评价；(3)SSR-PCR反应体系的优化和引物筛选；(4)进行遗传多样性和群体遗传学分析;杜仲EST-SSR引物开发及遗传

3、多样性研究1.自主开发了杜仲SSR引物设计合成了114对引物，其中13对引物多态性高、稳定性好2.检测了杜仲SSR位点的遗传多样性通过等位基因、有效等位基因数、期望杂合度和观测杂合度等参数来表明杜仲受到遗传漂变、突变、迁移和选择等进化因子的干扰从而说明杜仲受到了自然选择、近交、人工选择等诸多因素的影响。3.对种群的遗传结构和聚类结果进行分析，获得群落间的亲缘关系EST-SSR标记技术在植物学研究中的应用1.EST-SSR在种间属内的通用性很好2.EST-SSR可用于种子资源遗传多样性研究3.EST-SSR可用于遗传连锁图

4、谱的构建谢谢大家