辣椒多态性EST-SSR标记开发及连锁图谱构建.pdf

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1、第38卷第2期湖南农业大学学报(自然科学版)V_01．38No．22012年4月JournalofHunanAgriculturalUniversity(NaturalSciences)Apr．2012D0I：10．3724／SP．J．1238．2012．00162辣椒多态性EST—SSR标记开发及连锁图谱构建刘峰la,3，谢玲玲，欧阳娴h，王运生，一，邹学校h(1．湖南省农业科学院a．蔬菜研究所；b．西瓜甜瓜研究所，湖南长沙410125；2．湖南农业大学生物安全科学技术学院，湖南长沙410128；3．中国农业

2、科学院蔬菜花卉研究所，北京100081)摘要：采用SSR检索程序，从辣椒221037条unigenes中筛选到17319个SSR位点，设计了10468对引物，并对其进行E—PCR多态性检测。结果表明，1538对引物具有多态性，其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上，构成了12条辣椒EST—SSR连锁群，平均每条连锁群含45．75个EST—SSR。对匹配到番茄基因组上的EST—SSR进行GO(geneontology)分类，结果有481条EST序列被分类，其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主，分别占

3、34．13％、28．35％、25．82％。在KEGGmap中，91条EST序列共涉及到76条代谢途径(I~GG)，约67条序列参与新陈代谢途径，32条序列参与次生代谢产物合成途径。关键词：辣椒；多态性；连锁图谱；表达序列标签技术；简单重复序列中图分类号：$641．3文献标志码：A文章编号：1007—1032(2012)02—0162—06DevelopmentofpepperEST-SSRsandanSSR-basedlinkagemapLIUFeng，。，XIELing1ing，OUYANGXian，WANG

4、Yun—sheng’。，ZOUXue—xiao(1．a．InstituteofVegetables；b．InstituteofWatermelonandMuskmelon，HunanAcademyofAgriculturalSciences，Changsha410125，China；2．CollegeofBio—SaltyScienceandTechnology,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128，China；3．InstituteofVegetablesand

5、FlowersChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100081，China)Abstract：Inthisstudy，17319SSRswereidentifiedfrom221037ESTsofpepperusingSSRfindingsoft．Atotalof10468primerpairsweresuccessfullydesignedand1538primerpairsexhibitedpolymorphismbyE—PCR．Amongthepolym

6、orphicprimer—containingESTs，554ESTscontainingSSRmotifswerematchedontothetomatogenome，forming12linkagegroupswithanaverageof45．75makerspergroup．AnalysisofGO(geneontology)showedthat481ESTswereclassifiedmainlytobeinvolvedinprimarymetabolicprocess，cellularmetabol

7、icprocessandbiosyntheticprocess．IntheKEGGmap，91ESTswereinvolvedin76pathways(KEGG)，67ESTstookpartinmetabolicpathwaysand32participatedinbiosynthesisofsecondmetabolites．Keywords：pepper；polymorphism；linkagemap；expressedsequencetags(EST)；simplesequencerepeats(SSR

8、)目前，DNA分子标~E(SSR、RAPD、AFLP、RFLP)含SSR基序的EST序~(EST—SSR)在玉米、大豆、水已成为遗传变异分析和作物分子辅助育种研究的重稻、小麦等作物中已被大量开发，并应用于遗传图要工具_lJ。SSR(simplesequencerepeats)分子标记由谱构建和遗传多样性分析【4]。于具有信息量高、多等位性、共显l生、结果稳定等特辣椒(Capsicuma